… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga … (2)”

…

Ada yang ketinggalan gaes …

DosGil di postingan sebelum ini, lupa memaparkan instalasi tools yang diperlukan untuk preparasi receptor maupun ligand untuk simulasi penambatan molekul menggunakan AutoDock Vina. Biasanya menggunakan script yang disediakan di AutoDockTools, namun di Ubuntu 20.04 ini tidak bisa diinstalasi dengan “sudo apt-get install” biasa. Dan ketika mencoba menginstal padanan-padanannya selalu terkendala dengan perbedaan versi python yang digunakan. DosGil pun mencoba berbagai cara, … dan cara pertama yang sukses adalah dengan menggunakan miniconda. Pertama diawali dengan mengunduh dan menginstal miniconda.

cd programs
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Nah, pada tahapan ini pertanyaan-pertanyan interaktif diikuti terus secara default … kecuali yang terakhir (sepertinya yang ke-3) pilih “yes” meskipun default-nya “no”. Lalu Ubuntu-nya di-restart. Karena saat install miniconda diakhiri dengan “yes” maka tiap masuk ubuntu sudah otomatis masuk environment “base”. Kemudian kita install python 2.7 di environment conda. Dilanjutkan membuat environment “myenv” dengan python 2.7 sebagai versi default-nya.

(base) conda deactivate 
conda install python=2.7.18
conda create -n "myenv" python=2.7.17 ipython

Setelah ini kita akan masuk environment “myenv” dilanjutkan dengan install autodocktools-prepare.

conda activate myenv
(myenv) conda install -c insilichem autodocktools-prepare

Selesai. Siap dimanfaatkan. Berikut contoh perintah untuk memanfaatkannya:

#preparasi receptor:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_receptor4.py -r protein.mol2
#preparasi ligand:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2

Dua perintah tersebut di atas akan menghasilkan file protein.pdbqt dan ligand.pdbqt yang siap dijalankan di AutoDock Vina. Saran DosGil, masuk ke “myenv” hanya untuk preparasi saja. Simulasi dan lain-lain dilakukan di luar conda. Berikut contoh running dan hasil AutoDock Vina menggunakan hasil preparasi di atas:

(myenv) conda deactivate
vina --score_only --receptor protein.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --log out.log
#################################################################
# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
#################################################################

Detected 4 CPUs
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Affinity: -6.86911 (kcal/mol)
Intermolecular contributions to the terms, before weighting:
    gauss 1     : 67.44924
    gauss 2     : 1264.66048
    repulsion   : 3.75296
    hydrophobic : 28.66064
    Hydrogen    : 2.55637

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Semoga bermanfaat …

### Paingan, 11 Mei 2021 | 17:47 WIB.