Lanjut ke konten

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya …”

Mei 14, 2021

One Ring to rule them all, One Ring to find them, One Ring to bring them all, and in the darkness bind them

― The Lord of the Ring by J.R.R. Tolkien

Jadi begini gaes … setelah merilis dua postingan sebelum ini, sel-sel kelabu di kepala sulit berhenti berputar untuk mewujudkan saran dari salah satu reviewer anonim pada publikasi PyPLIF HIPPOS. Saran itu adalah membuat PyPLIF HIPPOS lebih universal yang bisa membaca semua luaran hasil simulasi penambatan molekul. Saat ini PyPLIF HIPPOS, dan juga sesuai judul publikasinya, memang hanya bisa membaca luaran simulasi penambatan molekul dari PLANTS atau AutoDock Vina. Mewujudkan saran dari reviewer tersebut dirasa hampir mustahil mengingat perkembangan jumlah dan jenis software simulasi penambatan molekul dengan ciri khasnya masing-masing. Meskipun demikian, ada satu tipe file yang mirip “the One Ring” dalam The Lord of the Ring, yaitu file dengan format pdb. Oleh karena itu, workaround untuk mewujudkan saran tersebut, dibuatlah semacam tool dengan memanfaatkan PyPLIF HIPPOS untuk membaca kompleks protein-ligan dalam format pdb. Kompleks tersebut bisa berasal dari segala sumber termasuk dari software penambatan molekul apapun. Tool tersebut dapat diakses di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif. Jika sudah berhasil melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait seperti yang dipaparkan di sini, maka tool pdb2plif ini seharusnya akan berjalan dengan smooth.

Baiklah, berikut tutorial langkah demi langkah, diawali dengan membuka WSL Ubuntu 20.04 di Windows 10:

cd programs
wget https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/archive/refs/heads/main.zip
unzip main.zip
rm main.zip
cd pdb2plif-main
chmod u+x pdb2plif.sh
cd

Pada tahapan ini pdb2plif sudah siap digunakan. Mari kita gunakan kompleks HUX-Asetilkolinesterase sebagai input file, maka berikut tahapannya:

mkdir hux-ache #buat directory tersendiri biar rapi
cd hux-ache
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 1E66.pdb
ls ligand*

Dari hasil “ls ligand*” diketahui bahwa hanya ada satu file ligand, hal yang jamak jika ini hasil penambatan molekul, namun hal yang cukup langka jika ini kompleks dari unduhan PDB. Dalam hal ini file tersebut adalah “ligand_HUX803_0.mol2″. Nah, pdb2plif siap digunakan. Sesuai petunjuknya di github, cara pakainya adalah” [pdb2plif.sh] [nama file kompleks protein-ligand dalam format pdb] [nama file ligand yang kita ketahui dari running SPORES sebelumnya] …

~/programs/pdb2plif-main/pdb2plif.sh 1E66.pdb ligand_HUX803_0.mol2

Selesai. Indikasi keberhasilan adalah adanya file-file berikut: “plif_full.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms) dan “plif_nobb.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms). Misal dibaca dengan perintah “cat plif_full.txt plif_nobb.txt”, maka akan didapat luaran teks sebagai berikut:

1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000100000010000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000010000000000000000000000000000000000
1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000000000000000000000000000000000000000

Apa maksud dari luaran tersebut? Hmmm … sepertinya perlu dibuat tool tambahan dengan luaran PyPLIF HIPPOS ini sebagai input file supaya lebih mudah dibaca “manusia”. Wah … sel-sel kelabu DosGil jadi berputar kencang lagi ini … Untuk kali ini, dicukupkan sampai di sini.

### GT-C13, 14 Mei 2021 | 17:20 WIB | Lebaran Idul Fitri hari ke-2.

From → Karena ..., Tutorial

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout /  Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout /  Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout /  Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: