Lanjut ke konten

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya … (2)”

Mei 17, 2021

Huahahahahahaha … Pertanyaan di paragraf terakhir postingan ini bugging DosGil. Membuat liburan jadi sedikit meleset fokusnya. Bertanya sendiri, kepikiran sendiri … Sudahlah daripada jadi pikiran, pdb2plif segera di-update supaya ada tambahan filefile luaran yang lebih human readable dibandingkan sekedar deretan angka 0 dan kadang-kadang muncul 1. Versi pdb2plif ini dapat diakses di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif, tepatnya di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/releases/tag/v0.0.2. Oh ya, ada juga minor bug fixed pada bug yang menyebabkan versi 0.0.1 harus menggunakan “SPORES –mode splitpdb” dahulu sebelum running pdb2plif.sh. Di versi 0.0.2 ini selama sudah tahu nama file ligan hasil SPORES, tidak harus menggunakan SPORES sebelum running, karena SPORES sudah masuk dalam script pdb2plif.sh.

Baiklah, berikut tutorial langkah demi langkah, diawali dengan membuka WSL Ubuntu 20.04 di Windows 10:

cd programs
wget https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/archive/refs/tags/v0.0.2.zip
unzip v0.0.2.zip
rm v0.0.2.zip
cd pdb2plif-0.0.2
chmod u+x pdb2plif.sh
cd

Seperti pada postingan sebelumnya, pada tahapan ini pdb2plif versi 0.0.2 sudah siap digunakan. Kita gunakan kompleks HUX-Asetilkolinesterase sebagai input file seperti sebelum ini, maka berikut tahapannya:

cd hux-ache
rm -rf * #menghapus luaran-luaran dari running di postingan sebelumnya
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/pdb2plif-0.0.2/pdb2plif.sh 1E66.pdb ligand_HUX803_0.mol2 #nama file ligand diketahui dari postingan sebelumnya

Selesai. Indikasi keberhasilan adalah selain adanya file-file “plif_full.txt” dan “plif_nobb.txt”, juga ada file-file “full.plif-h.txt” (yang berisi daftar asam amino, melibatkan backbone, yang berinteraksi dengan ligan lengkap dengan jenis interaksinya) dan “nobb.plif-h.txt” (yang berisi daftar residu asam amino, tanpa melibatkan backbone, yang berinteraksi dengan ligan lengkap dengan jenis interaksinya). Misal dibaca dengan perintah “cat nobb.plif-h.txt”, maka akan didapat luaran teks sebagai berikut:

TRP84 hydrophobic
TRP84 aromatic_face-to-face
TRP84 aromatic_edge-to-face
TYR121 hydrophobic
PHE290 hydrophobic
PHE330 hydrophobic
PHE330 aromatic_face-to-face
PHE331 hydrophobic
TRP432 hydrophobic
TRP432 aromatic_edge-to-face
MET436 hydrophobic
ILE439 hydrophobic
HIS440 hydrophobic
HIS440 aromatic_edge-to-face

Lebih human readable bukan? Silakan dicoba juga membaca luaran “full.plif-h.txt”.

### GT-C13, 17 Mei 2021 | 21:45 WIB.

From → Karena ..., Tutorial

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout /  Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout /  Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout /  Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: