… karena “Ada pdb2plif.sh, mungkinkah diperlukan pdbqt2pdb.sh … ?”

Pada manual AutoDock Vina 1.1.2 yang bisa diakses di http://vina.scripps.edu/manual.html sepertinya tidak membahas secara detail preparasi protein (sebagai target virtual) maupun preparasi senyawa kecil yang akan ditambatkan. Padahal, AutoDock Vina membutuhkan berkas input dengan tipe pdbqt dan menghasilkan luaran dengan tipe pdbqt juga. Memang disediakan modul “vina_split” untuk memisahkan pose-pose luaran dari simulasi penambatan molekul, namun luaran dari modul “vina_split” juga merupakan berkas dengan tipe pdbqt. Untuk preparasi berkas input sudah ada dan salah satunya dapat dibaca di https://dosgil.wordpress.com/2021/07/23/tutorial-instalasi-tools-untuk-sbvs-di-ubuntu-18-04-wsl/. Namun untuk pdbqt luaran ke pdb sepertinya DosGil belum pernah mengulasnya.

Ada beberapa cara untuk konversi dari pdbqt ke pdb, tapi hampir semua menggunakan graphical-user interface (GUI), yang menjadi halangan jika yang dikonversi sangat banyak dan membutuhkan otomasi. Nah, tetiba kemarin sore saat scroll-scroll di Twitter terpikir untuk mencari cara atau setidaknya membuat shell script untuk konversi pdbqt ke pdb. Namun, ketika mulai searching dan ketuk hit yang ditampilkan malah tertumbuk di laman berikut: http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/is-there-a-way-to-save-a-protein-ligand-complex-as-a-pdb-file-in-autodock.

Pada laman tersebut disampaikan bahwa pada dasarnya berkas pdbqt adalah berkas pdb dengan tambahan kolom muatan dan tipe atom. Untuk konversi pdbqt ke pdb cukup dengan menghilangkan dua kolom tersebut dengan perintah sebagai berikut:

cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

Perintah di atas menghilangkan dua kolom terakhir dari berkas my_docking.pdbqt dan hasilnya disimpan sebagai berkas my_docking.pdb.

### GT C13, 24 September 2021 | 18:30 WIB.