… karena “AutoDock Vina 1.2.3 tidak ada fitur log-nya …”

“AutoDock Vina is arguably one of the fastest and most widely used open-source programs for molecular docking.”

Eberhardt et al., 2021

Saat PyPLIF HIPPOS dirilis , Python 2.x belum obsolete dan AutoDock Vina 1.2.x belum dirilis. Saat ini, AutoDock Vina 1.2.3 sudah mulai menggeser AutoDock Vina 1.1.2 yang digunakan saat pengembangan PyPLIF HIPPOS. Dan, sempat DosGil dilapori salah satu murid bahwa shell script penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) yang saya kembangkan tidak berfungsi lagi ketika AutoDock Vina 1.1.2 diganti dengan versi terbaru 1.2.3. Jujur dengan kesibukan sebagai dosen dan beberapa aktivitas membantu beberapa direktorat di Jakarta, belum sempat DosGil pelajari lagi dampak peralihan Python dan AutoDock Vina ini pada scripts rutin yang digunakan di riset-riset lab DosGil maupun dengan kolaborator.

Mendekati akhir tahun ini, di sela-sela review dokumen-dokumen dan koreksi-koreksi dengan tenggat yang berlarian mendekat, DosGil sempatkan untuk mempelajari AutoDock Vina 1.2.3 dengan dokumentasi yang bersumber di sini. Setelah DosGil cermati dan uji coba sekali dua kali dan mempelajari error message yang ditampilkan, ditemukan bahwa masalahnya sederhana dan dapat diatasi di luar AutoDock Vina 1.2.3, yaitu seperti tersurat di judul postingan ini. Solusinya, karena DosGil menggunakan shell script, maka cukup dihapus itu “log = nama_out.log” di berkas konfigurasi untuk AutoDock Vina dan ditambahkan “> nama_out.log” di baris perintah shell script yang merupakan perintah menjalankan AutoDock Vina 1.2.3. DosGil coba juga untuk running PyPLIF HIPPOS pada hasil penambatan molekul, dan voila It worked perfectly! Kemudian DosGil coba docking score baru besutan AutoDock Vina 1.2.3, yaitu vinardo, juga dilanjutkan dengan PyPLIF HIPPOS. Hasilnya, bekerja dengan sempurna!

Masih banyak fitur-fitur baru di AutoDock Vina 1.2.3 yang belum DosGil eksplorasi. Hmmm … sepertinya ini saatnya reinventing the wheel dengan tool baru ini, plus memanfaatkan GPU. Buku-buku perlu di-update sepertinya, juga script PVBS yang sudah divalidasi bisa ditingkatkan efisiensinya. Ah … sepertinya itu perlu menunggu, agenda terdekat yang ingin DosGil wujudkan di tahun 2023 adalah menerbitkan buku dengan topik “Baris Perintah Linux Esensial Dalam Penapisan Virtual Berbasis Struktur” untuk pembelajaran di S2 Farmasi. Kalau ada anak S1 Farmasi juga mau belajar akan jauh lebih baik.

Selamat Tahun Baru 2023! May the FORCE be with you, always!

Sabbe Sattā Bhavantu Sukhitattā

## PoKid-7, 31 Desember 2022 | 20:54 WIB.