… karena “WSL2 + Ubuntu 22.04 berfungsi dengan baik untuk menjalankan AutoDock Vina 1.2.3 [bagian 1] …”

“Most of the group use a Dell XPS 15 with WSL. Prototyping and student projects being done on servers (both cpu and gpu) , heavy lifting on the university cluster.”

Computational Drug Discovety Leiden (CDDLeiden)

Saat scrolling cuitan-cuitan di Twitter pagi ini, DosGil menemukan pernyataan yang menjadi quote di atas. Hal ini mengusik DosGil untuk bermain-main lagi dengan Windows Subsystem for Linux (WSL) sekaligus mempersiapkan peralatan-peralatan riset di tahun 2023 ini. AutoDock Vina 1.2.3 (untuk selanjutnya kita sebut Vina) dan PyPLIF HIPPOS menjadi perkakas-perkakas lunak untuk tes Ubuntu 22.04 yang dijalankan di WSL versi 2 (WSL2).

DosGil mengawali dengan membuka PowerShell dan mengetikkan perintah berikut:

wsl --update 
wsl --shutdown

Kemudian menggunakan Microsoft Store, DosGil menginstal aplikasi Ubuntu 22.04. Tutorial untuk ini sudah banyak di internet, silakan diikuti saja. Kalau ragu silakan minta bantuan rekan atau kenalan terdekat yang paham tentang WSL ini. Setelah berhasil menginstal Ubuntu 22.04, DosGil membuka terminal Ubuntu ini dan melakukan instalasi Nautilus dan Google Chrome mengikuti tutorial di sini. Dua aplikasi GUI linux tersebut berfungsi dengan baik.

Berikutnya adalah menginstal Vina menggunakan miniconda mengikuti tutorial di sini. Kemudian dilanjutkan dengan mulai instalasi Vina dan software pendukungnya melalui miniconda mengikuti tutorial di sini. Diawali dengan instalasi Vina:

conda create -n vina python=3
conda activate vina
conda config --env --add channels conda-forge
conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
pip install vina

Di tahap ini muncul galat yang memerlukan untuk instalasi gcc dan g++ dengan perintah:

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++

Dan diulangi lagi dengan instalasi Vina dan dilanjutkan dengan instalasi ADFR software suite, OpenBabel dan Meeko:

pip install vina
conda install -c hcc adfr-suite
conda deactivate
sudo apt-get install openbabel
conda activate vina
conda install python=3.9.7
conda install -c conda-forge numpy openbabel scipy rdkit
pip install meeko
conda update -n base -c defaults conda 

Sudah selesai untuk saat ini. Perintah baris terakhir menanggapi warning untuk update conda. Selanjutnya DosGil akan bercerita tentang usaha mengadopsi tutorial yang diberikan di sini.

## PoKid-7, 1 Januari 2023 | 17:00 WIB.