… karena “WSL2 + Ubuntu 22.04 berfungsi dengan baik untuk menjalankan AutoDock Vina 1.2.3 [bagian 2] …”

DosGil melanjutkan mencoba Vina dengan mengadopsi tutorial yang diberikan di sini. Setelah DosGil mempelajarinya, jelas bahwa SPORES dan PLANTS dari situs ini dibutuhkan jika DosGil bermaksud melakukan preparasi reseptor (dan konfigurasi untuk Vina maupun PyPLIF HIPPOS) secara otomatis dan sepenuhnya menggunakan antarmuka baris perintah (APB). Sampai saat ini ditulis DosGil belum menemukan teknik maupun perangkat lain yang bisa menggantikan kombinasi SPORES dan PLANTS dalam hal ini. Hal lain yang belum DosGil temukan adalah dimana letak Vina setelah instalasi melalui miniconda di postingan bagian 1. Baiklah kita unduh saja versi default-nya Ubuntu 22.04 dan kemudian ditindih dengan Vina versi 1.2.3.

conda deactivate
cd ~
mkdir programs
cd programs
sudo apt-get install autodock-vina
vina

Menariknya setelah Vina dicoba dijalankan dengan perintah di atas, hasilnya adalah:

AutoDock Vina v1.2.3
...

Bawaan Ubuntu 22.04 LTS sudah versi 1.2.3! Baiklah kita lanjutkan dengan instalasi SPORES dan PLANTS:

wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x SPORES_64bit

Software yang dibutuhkan untuk melakukan satu putaran penambatan molekul pada antarmuka baris perintah sudah siap. DosGil kemudian mencoba untuk penambatan ulang ligan kokristal Huprine X (HUX) pada asetilkolinesterase di PDB:1E66.

cd ~
mkdir vina-1.2.3_1e66
cd vina-1.2.3_1e66/
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 1E66.pdb
conda activate vina
python2 ~/miniconda3/envs/vina/CCSBpckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r protein.mol2 -r protein.mol #preparasi receptor dengan luaran protein.pdbqt
python2 ~/miniconda3/envs/vina/CCSBpckgs/AutoDockTools/Utilities
24/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 #preparasi ligan dengan luaran ligand.pdbqt
cp ligand_HUX803_0.mol2 ligand.mol2
~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode bind ligand.mol2 5 protein.mol2
cat bindingsite.def

Perintah terakhir di atas membaca luaran bindingsite.def hasil perintah di atasnya. Adapun isinya adalah sebagai berikut yang berguna untuk penyusunan konfigurasi penambatan molekul dengan Vina:

bindingsite_center 4.39738 68.6326 65.5042
bindingsite_radius 10.9525

Berikut isi berkas konfigurasi sederhana vina.config untuk menjalankan Vina memanfaatkan itu di atas dengan mencoba scoring function baru vinardo:

receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt
scoring = vinardo
center_x = 4.39738
center_y = 68.6326
center_z = 65.5042
size_x = 21.905 # 2 x 10.9525
size_y = 21.905 # 2 x 10.9525
size_z = 21.905 # 2 x 10.9525

Simulasi penambatan molekul dengan Vina siap dijalankan. Dan karena Vina versi ini tidak ada fitur log maka perlu diberi “> ligand_out.log” seperti berikut:

vina --config vina.config > ligand_out.log

Voila! Simulasi penambatan molekul berjalan dengan baik dengan isi ligand_out.log sebagai berikut:

AutoDock Vina v1.2.3

...

Output will be ligand_out.pdbqt
Scoring function : vinardo
Rigid receptor: protein.pdbqt
Ligand: ligand.pdbqt
Grid center: X 4.39738 Y 68.6326 Z 65.5042
Grid size  : X 21.905 Y 21.905 Z 21.905
Grid space : 0.375
Exhaustiveness: 8
CPU: 0
Verbosity: 1

Computing Vinardo grid ... done.
Performing docking (random seed: 731491570) ...
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
***************************************************

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1       -10.58          0          0
   2       -5.617      3.497       5.55
   3       -5.185      9.843      11.77
   4       -5.011      3.486      5.159
   5       -4.968      3.782      5.637
   6       -4.902      9.991      12.01
   7       -4.653       8.89      10.77
   8       -4.615      10.74      12.97
   9       -4.441      8.699       10.2

Dan hari pertama di tahun 2023 ini sudah hampir berakhir. DosGil akan lanjutkan esok hari.

## PoKid-7, 1 Januari 2023 | 22:25 WIB.