… karena “WSL2 + Ubuntu 22.04 berfungsi dengan baik untuk menjalankan AutoDock Vina 1.2.3 [bagian 3 – tamat] …”
DosGil melanjutkan mencoba PyPLIF HIPPOS pada luaran Vina di bagian 2. Diawali dengan instalasi PyPLIF HIPPOS pada environment vina:
cd ~
conda activate vina
conda install -c conda-forge pyplif-hippos
cd vina-1.2.3_1e66
Dilanjutkan dengan pembuatan berkas konfigurasi untuk PyPLIF HIPPOS hippos.config di direktori kerja ~/vina-1.2.3_1e66, dengan isi berkas seperti berikut:
docking_method vina
docking_conf vina.config
output_mode full full_nobb
full_outfile plif_full.txt
full_nobb_outfile plif_nobb.txt
logfile hippos.log
Berkas tersebut masih kurang dua variabel yang mendefinisikan nama dan nomor residu yang akan diidentifikasi interaksinya dengan ligan. Dengan memanfaatkan berkas PLANTSactiveSiteResidues.mol2 luaran dari PLANTS di bagian 2, DosGil tambahkan variabel-variabel tersebut dengan baris perintah berikut:
echo "residue_number `grep CA PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $7}' | paste -s -d" "`" >> hippos.config
echo "residue_name `grep CA PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $8}' | paste -s -d" "`" >> hippos.config
PyPLIF HIPPOS sudah siap dijalankan!
hippos hippos.config
Luaran esensial dari hippos ini adalah berkas plif_full.txt dan plif_nobb.txt. Jika dibuka dengan perintah more plif_*.txt maka hasilnya adalah:
::::::::::::::
plif_full.txt
::::::::::::::
ligand_1 -10.577 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000110000000000000000000000000000000000000000100000010000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000010000000000000101000010000001000000101000010000001010000000000000000000000000
::::::::::::::
plif_nobb.txt
::::::::::::::
ligand_1 -10.577 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000110000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000010000000000000101000010000001000000101000000000001010000000000000000000000000
Hurrayyy … sudah bisa jalan semuanya!!! Eh tapi, kenapa hanya satu pose ya … ? Ah sudahlah itu dioptimasi kali lain. Setidaknya sudah bisa jalan dan berfungsi baik.
## PoKid-7, 2 Januari 2023 | 14:51 WIB.
DosenGila 