Lanjut ke konten

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?” (2)

“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”

Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!

Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.

Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020. Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.

### GT-C13, 28 Juli 2020

[Tutorial] Instalasi Tools untuk SBVS di Ubuntu 18.04 WSL

Tutorial ini dibuat untuk melengkapi instalasi Ubuntu 18.04 di Window 10 sebagai bagian dari persiapan peserta workshop APTFI 2021.

Setelah selesai instalasi di Ubuntu 18.04, silakan app tersebut di-launch untuk menampilkan terminal guna menjalankan perintah dalam bash. Lalu ketikkan perintah-perintah berikut:

mkdir programs
cd programs
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Baris pertama untuk membuat folder baru bernama “programs” di folder “/home/[username]/”. Baris ke-2 untuk masuk ke folder tersebut dan kemudian dilanjutkan dengan mengunduh “miniconda”, untuk menciptakan lingkungan dengan pengaturan sistem yang spesifik untuk tugas tertentu. Miniconda ini penting dalam Penapisan Virtual Berbasis Struktur (Structure-based Virtual Screening/SBVS) terutama saat-saat ini ketika software masih transisi ke python3. AutoDockTools masih belum jalan di python3 sedangkan Ubuntu 18.04 sudah menggunakan python2. Baris ke-4 untuk mengubah berkas yang diunduh untuk bisa dieksekusi dan baris ke-5 adalah eksekusi berkas yang diunduh untuk instalasi miniconda. Pada tahapan ini, akan muncul pertanyaan-pertanyan interaktif. Silakan diikuti terus secara default … sepertinya dengan memilih ketuk [Enter], “yes”, ketuk [Enter] dan “yes” . Lalu Ubuntu-nya di-restart. Saat masuk ke terminal akan ada tulisan (base) di sisi kiri karena otomatis diaktivasi saat membuka Ubuntu.

Langkah selanjutnya merapikan mematikan aktivasi conda pada bukaan terminal ubuntu dan instal python 2.7.13 di environment conda dengan mengetikkan perintah-perintah berikut:

.

conda config --set auto_activate_base false
conda deactivate 
conda install python=2.7.13

Pada beberapa kasus, saat baris ke-3 dijalankan akan muncul galat tidak dapat mengakses protokol “https”. Hal ini bisa dihindari dengan mengizinkan “Microsoft Shell Experience” untuk menembus firewall. Caranya adalah ketuk “Start > Settings > Network & Internet > Windows Firewall > Allow an app through firewall” dilanjutkan ketuk “Change settings” dan aktifkan bagian “Microsoft Shell Experience” dengan memberi tanda centang (seperti gambar di bawah ini) dan ketuk “OK”.

Dilanjutkan membuat environment “adt” dengan python 2.7.13 sebagai versi default-nya. Lalu masuk environment “adt” dilanjutkan dengan install autodocktools-prepare.

conda create -n "adt" python=2.7.13 ipython
conda activate adt
conda install -c insilichem autodocktools-prepare
conda deactivate

Selesai untuk instalasi autodocktools, khususnya untuk preparasi receptor dan preparasi ligan dengan command line. Sebagai catatan, saat lingkungan conda “adt” diaktifkan maka akan muncul “(adt)” di bagian kiri sebelum command prompt.

Saatnya unduh dan install AutoDock Vina. Salah satu keunggulan penggunaan Ubuntu sebagai app dari Windows ini adalah bisa memanfaatkan aplikasi Windows di interface Ubuntu dan sebaliknya. Oleh karena itu saya akan install AutoDock Vina di Windows. Instalasi diawali dengan mengunduh berkas “autodock_vina_1_1_2_win32.msi” dari http://vina.scripps.edu/download.html menggunakan browser pada Windows. Lalu pada berkas yang baru diunduh tersebut diklik kanan dan pilih “install”. Setelah selesai instalasi maka akan ada folder baru “The Scripps Research Institute” di “C:\Program Files (x86)”, yang di dalamnya terdapat folder “Vina”. Untuk mempermudah akses dari terminal Ubuntu, Folder “Vina” tersebut dikopikan ke “C:\”.

Secara prinsip, pada tahapan ini sudah cukup perlengkapan untuk menjalankan SBVS. Dengan menginstal AutoDockTools di Windows, preparasi protein atau reseptor sebagai target virtual bisa dilakukan di Windows, namun untuk preparasi ligan diperlukan untuk dijalankan di Ubuntu. PLANTS dan SPORES direkomendasikan untuk juga dipersiapkan karena kan sangat membantu dalam preparasi target virtual tanpa memanfatkan graphical-user interface (GUI). Berikut langkah-langkah instalasi PLANTS dan SPORES sekaligus memanfaatkannya untuk penambatan ulang ligan kokristal pada CXCR4 dengan kode PDB 3ODU:

cd programs
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit SPORES_64bit
cd ..
mkdir aptfi2021
cd aptfi2021/
wget https://files.rcsb.org/download/3ODU.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 3ODU.pdb
~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode bind ligand_ITD1500_0.mol2 5 protein.mol2
cp ligand_ITD1500_0.mol2 ligand.mol2
conda activate adt
~/miniconda3/envs/adt/bin/prepare_receptor4.py -r protein.mol2
~/miniconda3/envs/adt/bin/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2
conda deactivate
cd

Sampai di sini preparasi sudah selesai, tanpa melibatkan GUI. Untuk bisa menjalankan AutoDock Vina, dan sekaligus menyelesaikan preparasi untuk SBVS, perlu dibuat berkas konfigurasi. Pembuatan berkas konfigurasi dan bagaimana menjalankannya serta penjelasan per baris akan disampaikan pada perlatihan. Oh ya, sebelum diakhiri tutorial ini ditampilkan di bawah bagaimana cara memanggil Vina di Windows dari Ubuntu:

/mnt/c/Vina/vina.exe

Mudah bukan? Dan karena belum ada berkas konfigurasinya maka akan muncul luaran berupa opsi-opsi cara menjalankan Vina, seperti di bawah ini. Jika tidak muncul opsi-opsi tersebut. sepertinya masih ada yang keliru dalam instalasinya. Good luck!

Missing receptor.

Correct usage:

Input:
  --receptor arg        rigid part of the receptor (PDBQT)
  --flex arg            flexible side chains, if any (PDBQT)
  --ligand arg          ligand (PDBQT)

Search space (required):
  --center_x arg        X coordinate of the center
  --center_y arg        Y coordinate of the center
  --center_z arg        Z coordinate of the center
  --size_x arg          size in the X dimension (Angstroms)
  --size_y arg          size in the Y dimension (Angstroms)
  --size_z arg          size in the Z dimension (Angstroms)

Output (optional):
  --out arg             output models (PDBQT), the default is chosen based on
                        the ligand file name
  --log arg             optionally, write log file

Misc (optional):
  --cpu arg                 the number of CPUs to use (the default is to try to
                            detect the number of CPUs or, failing that, use 1)
  --seed arg                explicit random seed
  --exhaustiveness arg (=8) exhaustiveness of the global search (roughly
                            proportional to time): 1+
  --num_modes arg (=9)      maximum number of binding modes to generate
  --energy_range arg (=3)   maximum energy difference between the best binding
                            mode and the worst one displayed (kcal/mol)

Configuration file (optional):
  --config arg          the above options can be put here

Information (optional):
  --help                display usage summary
  --help_advanced       display usage summary with advanced options
  --version             display program version

### GT-C13, 23 Juli 2021 | 20:56 WIB.

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya … (3)”

HUX-AChE

Setelah mencoba translasi hasil PyPLIF HIPPOS menjadi lebih human readable, kali ini DosGil mencoba translasikan lagi ke bentuk visual. Pada gambar di posting-an ini hanya ditampilkan ikatan aromatis (ditampilkan sebagai garis kuning putus-putus) berdasar pada hasil di posting-an sebelum ini. Ikatan-ikatan yang lain adalah ikatan hidrofobik, jadi kurang menarik untuk ditampilkan. Enjoy! Oh iya ini dibuat dengan PyMOL. (Tips: aromatic ring center dibuat dengan commandpseudoatom“)

### Kampus 3 Paingan, 29 Mei 2021 | 13:58 WIB.

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya … (2)”

Huahahahahahaha … Pertanyaan di paragraf terakhir postingan ini bugging DosGil. Membuat liburan jadi sedikit meleset fokusnya. Bertanya sendiri, kepikiran sendiri … Sudahlah daripada jadi pikiran, pdb2plif segera di-update supaya ada tambahan filefile luaran yang lebih human readable dibandingkan sekedar deretan angka 0 dan kadang-kadang muncul 1. Versi pdb2plif ini dapat diakses di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif, tepatnya di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/releases/tag/v0.0.2. Oh ya, ada juga minor bug fixed pada bug yang menyebabkan versi 0.0.1 harus menggunakan “SPORES –mode splitpdb” dahulu sebelum running pdb2plif.sh. Di versi 0.0.2 ini selama sudah tahu nama file ligan hasil SPORES, tidak harus menggunakan SPORES sebelum running, karena SPORES sudah masuk dalam script pdb2plif.sh.

Baiklah, berikut tutorial langkah demi langkah, diawali dengan membuka WSL Ubuntu 20.04 di Windows 10:

cd programs
wget https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/archive/refs/tags/v0.0.2.zip
unzip v0.0.2.zip
rm v0.0.2.zip
cd pdb2plif-0.0.2
chmod u+x pdb2plif.sh
cd

Seperti pada postingan sebelumnya, pada tahapan ini pdb2plif versi 0.0.2 sudah siap digunakan. Kita gunakan kompleks HUX-Asetilkolinesterase sebagai input file seperti sebelum ini, maka berikut tahapannya:

cd hux-ache
rm -rf * #menghapus luaran-luaran dari running di postingan sebelumnya
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/pdb2plif-0.0.2/pdb2plif.sh 1E66.pdb ligand_HUX803_0.mol2 #nama file ligand diketahui dari postingan sebelumnya

Selesai. Indikasi keberhasilan adalah selain adanya file-file “plif_full.txt” dan “plif_nobb.txt”, juga ada file-file “full.plif-h.txt” (yang berisi daftar asam amino, melibatkan backbone, yang berinteraksi dengan ligan lengkap dengan jenis interaksinya) dan “nobb.plif-h.txt” (yang berisi daftar residu asam amino, tanpa melibatkan backbone, yang berinteraksi dengan ligan lengkap dengan jenis interaksinya). Misal dibaca dengan perintah “cat nobb.plif-h.txt”, maka akan didapat luaran teks sebagai berikut:

TRP84 hydrophobic
TRP84 aromatic_face-to-face
TRP84 aromatic_edge-to-face
TYR121 hydrophobic
PHE290 hydrophobic
PHE330 hydrophobic
PHE330 aromatic_face-to-face
PHE331 hydrophobic
TRP432 hydrophobic
TRP432 aromatic_edge-to-face
MET436 hydrophobic
ILE439 hydrophobic
HIS440 hydrophobic
HIS440 aromatic_edge-to-face

Lebih human readable bukan? Silakan dicoba juga membaca luaran “full.plif-h.txt”.

### GT-C13, 17 Mei 2021 | 21:45 WIB.

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya …”

One Ring to rule them all, One Ring to find them, One Ring to bring them all, and in the darkness bind them

― The Lord of the Ring by J.R.R. Tolkien

Jadi begini gaes … setelah merilis dua postingan sebelum ini, sel-sel kelabu di kepala sulit berhenti berputar untuk mewujudkan saran dari salah satu reviewer anonim pada publikasi PyPLIF HIPPOS. Saran itu adalah membuat PyPLIF HIPPOS lebih universal yang bisa membaca semua luaran hasil simulasi penambatan molekul. Saat ini PyPLIF HIPPOS, dan juga sesuai judul publikasinya, memang hanya bisa membaca luaran simulasi penambatan molekul dari PLANTS atau AutoDock Vina. Mewujudkan saran dari reviewer tersebut dirasa hampir mustahil mengingat perkembangan jumlah dan jenis software simulasi penambatan molekul dengan ciri khasnya masing-masing. Meskipun demikian, ada satu tipe file yang mirip “the One Ring” dalam The Lord of the Ring, yaitu file dengan format pdb. Oleh karena itu, workaround untuk mewujudkan saran tersebut, dibuatlah semacam tool dengan memanfaatkan PyPLIF HIPPOS untuk membaca kompleks protein-ligan dalam format pdb. Kompleks tersebut bisa berasal dari segala sumber termasuk dari software penambatan molekul apapun. Tool tersebut dapat diakses di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif. Jika sudah berhasil melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait seperti yang dipaparkan di sini, maka tool pdb2plif ini seharusnya akan berjalan dengan smooth.

Baiklah, berikut tutorial langkah demi langkah, diawali dengan membuka WSL Ubuntu 20.04 di Windows 10:

cd programs
wget https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/archive/refs/heads/main.zip
unzip main.zip
rm main.zip
cd pdb2plif-main
chmod u+x pdb2plif.sh
cd

Pada tahapan ini pdb2plif sudah siap digunakan. Mari kita gunakan kompleks HUX-Asetilkolinesterase sebagai input file, maka berikut tahapannya:

mkdir hux-ache #buat directory tersendiri biar rapi
cd hux-ache
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 1E66.pdb
ls ligand*

Dari hasil “ls ligand*” diketahui bahwa hanya ada satu file ligand, hal yang jamak jika ini hasil penambatan molekul, namun hal yang cukup langka jika ini kompleks dari unduhan PDB. Dalam hal ini file tersebut adalah “ligand_HUX803_0.mol2″. Nah, pdb2plif siap digunakan. Sesuai petunjuknya di github, cara pakainya adalah” [pdb2plif.sh] [nama file kompleks protein-ligand dalam format pdb] [nama file ligand yang kita ketahui dari running SPORES sebelumnya] …

~/programs/pdb2plif-main/pdb2plif.sh 1E66.pdb ligand_HUX803_0.mol2

Selesai. Indikasi keberhasilan adalah adanya file-file berikut: “plif_full.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms) dan “plif_nobb.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms). Misal dibaca dengan perintah “cat plif_full.txt plif_nobb.txt”, maka akan didapat luaran teks sebagai berikut:

1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000100000010000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000010000000000000000000000000000000000
1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000000000000000000000000000000000000000

Apa maksud dari luaran tersebut? Hmmm … sepertinya perlu dibuat tool tambahan dengan luaran PyPLIF HIPPOS ini sebagai input file supaya lebih mudah dibaca “manusia”. Wah … sel-sel kelabu DosGil jadi berputar kencang lagi ini … Untuk kali ini, dicukupkan sampai di sini.

### GT-C13, 14 Mei 2021 | 17:20 WIB | Lebaran Idul Fitri hari ke-2.

… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga … (2)”

Ada yang ketinggalan gaes

DosGil di postingan sebelum ini, lupa memaparkan instalasi tools yang diperlukan untuk preparasi receptor maupun ligand untuk simulasi penambatan molekul menggunakan AutoDock Vina. Biasanya menggunakan script yang disediakan di AutoDockTools, namun di Ubuntu 20.04 ini tidak bisa diinstalasi dengan “sudo apt-get install” biasa. Dan ketika mencoba menginstal padanan-padanannya selalu terkendala dengan perbedaan versi python yang digunakan. DosGil pun mencoba berbagai cara, … dan cara pertama yang sukses adalah dengan menggunakan miniconda. Pertama diawali dengan mengunduh dan menginstal miniconda.

cd programs
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Nah, pada tahapan ini pertanyaan-pertanyan interaktif diikuti terus secara default … kecuali yang terakhir (sepertinya yang ke-3) pilih “yes” meskipun default-nya “no”. Lalu Ubuntu-nya di-restart. Karena saat install miniconda diakhiri dengan “yes” maka tiap masuk ubuntu sudah otomatis masuk environment “base”. Kemudian kita install python 2.7 di environment conda. Dilanjutkan membuat environment “myenv” dengan python 2.7 sebagai versi default-nya.

(base) conda deactivate 
conda install python=2.7.18
conda create -n "myenv" python=2.7.17 ipython

Setelah ini kita akan masuk environment “myenv” dilanjutkan dengan install autodocktools-prepare.

conda activate myenv
(myenv) conda install -c insilichem autodocktools-prepare

Selesai. Siap dimanfaatkan. Berikut contoh perintah untuk memanfaatkannya:

#preparasi receptor:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_receptor4.py -r protein.mol2
#preparasi ligand:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2

Dua perintah tersebut di atas akan menghasilkan file protein.pdbqt dan ligand.pdbqt yang siap dijalankan di AutoDock Vina. Saran DosGil, masuk ke “myenv” hanya untuk preparasi saja. Simulasi dan lain-lain dilakukan di luar conda. Berikut contoh running dan hasil AutoDock Vina menggunakan hasil preparasi di atas:

(myenv) conda deactivate
vina --score_only --receptor protein.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --log out.log
#################################################################
# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
#################################################################

Detected 4 CPUs
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Affinity: -6.86911 (kcal/mol)
Intermolecular contributions to the terms, before weighting:
    gauss 1     : 67.44924
    gauss 2     : 1264.66048
    repulsion   : 3.75296
    hydrophobic : 28.66064
    Hydrogen    : 2.55637

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Semoga bermanfaat …

### Paingan, 11 Mei 2021 | 17:47 WIB.

… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga …”

Panta rhei kai uden menei …

Herakleitos

Jadi sepertinya kita batal ke pantai, soalnya itu hujan lagi … *krik-krik-krik

Perubahan itu pasti dan perubahan yang berdampak pada sukses atau gagalnya mengoperasikan PyPLIF HIPPOS adalah perubahan dari python ke python3 dalam sistem operasi yang cukup populer digunakan di kalangan kimia medisinal Indonesia, yaitu Ubuntu. Versi long-term services (LTS) terbaru yaitu Ubuntu 20.04 sudah melakukan transisi ini. Hal ini berakibat pada gagalnya instalasi PyPLIF HIPPOS, yang tidak pakai versi conda, jika mengikuti tutorial resmi di sini. Jika instalasi saja gagal. maka riset-riset seperti yang dipublikasikan di jurnal-jurnal Q1 ini juga tidak mungkin dilaksanakan. Oleh karena itu, DosGil memutuskan untuk merilis tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS di Ubuntu 20.04 ini.

Instalasi ini diawali dengan instalasi Ubuntu 20.04 LTS di laptop dengan OS Windows 10 milik DosGil, dengan memanfaatkan WSL versi 1. Mengapa tidak WSL versi 2? Karena DosGil berencana menggunakan file-file-nya secara interchangeable baik di Ubuntu maupun di Windows. Alasan utamanya adalah menghemat ruang di diska penyimpanan. Bagi yang sudah punya laptop atau PC dengan OS Windows 10 tapi belum instal WSL versi 1 pun Ubuntu 20.04 LTS dapat memilih salah satu tutorial di sini, yang salah satunya menuju ke YouTube ini.

Nah, setelah Ubuntu 20.04 ini di-launch berikut perintah-perintah yang harus diketikkan (atau dikopi-paste-kan dari dari postingan ini) untuk melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait untuk bisa melakukan penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) secara otomatis:

sudo apt-get update
sudo apt-get install python-is-python3
sudo apt-get install autodock-vina
sudo apt-get install openbabel
sudo apt-get install python3-openbabel
sudo apt-get install python3-bitarray
sudo apt-get install python3-numpy
sudo apt-get install zip

Di tiap baris perintah di atas ada beberapa pertanyaan interaktif yang harus direspon seperti “yes” atau klik tombil [Enter] … diikuti saja sampai selesai. Oh ya, AutoDock Vina dan juga Open Babel sudah terinstal sesuai dengan baris ke-3 dan ke-4 perintah di atas. Lalu karena DosGil lebih suka menyimpan software dalam folder atau directory tersendiri, maka berikut adalah perintah-perintah selanjutnya:

mkdir programs
cd programs
wget https://github.com/radifar/PyPLIF-HIPPOS/archive/refs/tags/0.1.2.zip
unzip 0.1.2.zip
rm 0.1.2.zip
cd PyPLIF-HIPPOS-0.1.2/
./setup.sh

Akan muncul pertanyaan berikut:

HIPPOS will be installed in /home/enade/.hippos, do you want to install it in another directory?
> [y]es/[n]o, default: n

Jawab saja dengan “n”. Maka akan muncul tampilan sebagai berikut:

> n
HIPPOS successfully installed

Hyoi … sampai di sini kisah kita, jangan tangisi keadaannya. Bukan karena kita berbeda … *you-sing-you-lose PyPLIF HIPPOS sudah terinstal. Kalau mau dicoba, Ubuntu bisa di-restart dulu.

Eh iya, ada dua lagi software yang dibutuhkan untuk membuat PVBS jadi otomatis dan juga akan terpakai dalam tutorial-tutorial berikutnya, yaitu PLANTS 1.2 dan SPORES 1.3. Silakan ke tautan berikut untuk mengisi license agreement dan mendapatkan link untuk unduh: http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/. Setelah dapat link untuk unduh, maka dapat dilanjutkan dengan perintah-perintah kurang lebih seperti berikut di terminal WSL Ubuntu 20.04:

cd ~/programs #lihat box ke-2 dari atas, hal ini terkait menyimpan software dalam satu folder
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit SPORES_64bit

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Eh iya, salah satu prasyarat teknis suksesnya tutorial ini adalah tersedianya akses ke koneksi internet (yang cepat). Semoga bermanfaat …

### Paingan, 10 Mei 2021 | 17:46 WIB.

… karena “En’s PLIF dari PyPLIF HIPPOS dirilis!”

Dini hari ini, DosGil terbangun dan terharu mendapat kabar kalau artikel yang dirasa DosGil cukup kontroversial, karena mengusulkan suatu metode yang tidak lazim, sudah published di Molecules. Sebuah jurnal yang saat ini masuk kuartil Q1 di Scopus untuk bidang Pharmaceutical Sciences. Artikel ini menawarkan penggunaan lain dari sidik jari ikatan ligan-protein (protein-ligand interacton fingerprint/PLIF) luaran dari PyPLIF HIPPOS (yang dipublikasikan Agustus tahun lalu di JCIM, Scopus Q1 juga). Alih-alih “hanya” untuk meningkatkan kualitas prediksi dari penapisan virtual berbasis struktur (structure-based virtual screening/SBVS), pada artikel ini dilaporkan penggunaan deskriptor turunan dari PLIF sebagai input pada analisis machine learning metode regression trees yang selain meningkatkan kualitas SBVS juga mengidentifikasi asam amino yang penting dalam ikatan ligan-protein. Informasi ini akan sangat berguna pada tahapan hit to lead dan lead optimization dalam structure-based drug design, terutama yang menggunakan pendekatan fragment-based. Deskriptor ini melibatkan semua pose terpilih hasil penambatan molekul setiap molekul sebagai satu ensemble sehingga diberi nama ensemble PLIF atau disingkat ensPLIF. Atau bolehlah disebut En’s PLIF … 😀

— Below is the summary of the text in English —

This morning, one article describing the use of ensemble PLIF (ensPLIF) derived from PyPLIF HIPPOS’s PLIF was just published in Molecules. The article presents another use of PyPLIF HIPPOS (published in JCIM) in structure-based drug design (SBDD) research projects, especially in fragment-based approaches. Not only increasing the prediction quality of the structure-based virtual screening (SBVS) protocols, in combination with machine learning analysis (regression trees method) ensPLIF could also pin point molecular determinant of ligand binding to receptors. The information could significantly assist the hit-to-lead and lead optimization steps in SBDD projects.

… karena “Biarkan bot saja yang mengerjakan hal repetitif” (2)

The first rule of any technology used in a business is that automation applied to an efficient operation will magnify the efficiency. The second is that automation applied to an inefficient operation will magnify the inefficiency.

Bill Gates (https://www.brainyquote.com/topics/automation-quotes)

Jadi ini tulisan lanjutan. Sebenarnya karena bingung memberi judul sih. 😀

Hari ini DosGil mendapat kesempatan untuk memberikan kuliah tamu secara daring di Fakultas Farmasi Universitas Pancasila. Berikut link-nya https://www.youtube.com/watch?v=em_9N9lsClE

… karena “Biarkan bot saja yang mengerjakan hal repetitif”

The first rule of any technology used in a business is that automation applied to an efficient operation will magnify the efficiency. The second is that automation applied to an inefficient operation will magnify the inefficiency.

Bill Gates (https://www.brainyquote.com/topics/automation-quotes)

Jadi DosGil lagi mencoba implementasi induced-fit theory dalam penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) menggunakan AutoDock VINA dan PyPLIF HIPPOS. Konsekuensinya adalah banyaknya target virtual yang harus dipreparasi. Selama ini, preparasi target virtual dan perumusan file konfigurasi dikerjakan manual karena biasanya hanya sekali dalam satu proyek riset. Karena pekerjaannya repetitif dan manusia adalah tempatnya salah, apalagi saat lelah, maka sore yang syahdu ini script untuk membuat file konfigurasi dibuatlah. Lha koq sekalian di-bablas-kan untuk melakukan penambatan ulang, meskipun sekali saja.

#!/bin/sh
SPORES=[path where SPORES is located]/SPORES_64bit
PLANTS=[path where PLANTS is located]/PLANTS1.2_64bit
targetdir=~pwd~
ligname=[ligand name resulted from SPORES --mode splitpdb, without the extension]
radius=5
#Preparing vina.config
$SPORES --mode splitpdb $1
$PLANTS --mode bind $ligname.mol2 $radius protein.mol2

x=~grep center bindingsite.def | awk '{print $2}'~
y=~grep center bindingsite.def | awk '{print $3}'~
z=~grep center bindingsite.def | awk '{print $4}'~
diameter=~grep radius bindingsite.def | awk '{print 2*$2}'~

echo "receptor = $targetdir/protein.pdbqt" > vina.config
echo "ligand = ligand.pdbqt" >> vina.config
echo "num_modes = 10" >> vina.config
echo "energy_range = 5" >> vina.config
echo "cpu = 4" >> vina.config
echo "log = out.log" >> vina.config
echo "center_x = $x" >> vina.config
echo "center_y = $y" >> vina.config
echo "center_z = $z" >> vina.config
echo "size_x = $diameter" >> vina.config
echo "size_y = $diameter" >> vina.config
echo "size_z = $diameter" >> vina.config
#Re-docking using VINA
ADFRbin=[path where ADFRSuite is located]/ADFRsuite_x86_64Linux_1.0/bin
vina=[path where AutoDock Vina is located]/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina
$ADFRbin/prepare_receptor -r protein.mol2
cp $ligname.mol2 ligand.mol2
$ADFRbin/prepare_ligand -l ligand.mol2
$vina --config vina.config
#usage: ./namafileini.sh [kompleks-protein-ligan.pdb]

Oh ya … script di atas sudah berhasil diujicobakan di CentOS 7 terinstal PLANTS, SPORES, AutoDock Vina dan ADFR Suite. Dan … sebelum di-run, itu “~” diganti dulu dengan “`” .

… karena “Sepertinya DosGil harus mengevaluasi cara mengajarnya.”

What is the way of the bow? Can you teach me?

(The way of the bow; Paulo Coelho)

Pertanyaannya tersebut dijawab oleh Sang Master seperti berikut, “Teaching it isn’t hard. I could do that in less than an hour. The difficult thing is to practice it every day, until you achieve the necessary precision.”

Potongan diskusi dari buku Paulo Coelho yang versi Bahasa Inggris-nya akan di-launch pertengahan November 2020 tersebut cukup mak jleb menghujam pikiran DosGil. Membuat benak DosGil kembali memutar proses awal-awal belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Dan membandingkannya dengan latihan memanah yang sempat membawa DosGil masuk 10 besar dalam Open Archery Championship 2017.

Iya … sepertinya mirip belajar panahan dan belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Diawali dengan melihat (dan bergumam “koq asyik dan nampak mudah”) lalu dikenalkan dengan alat-alat dan kegunaan masing-masing (dan hanya manggut-manggut dan komentar “iya-iya” supaya segera diperbolehkan mencoba). Dan ketika tiba saatnya benar-benar mencoba pertama kali … whoaaaa koq ambyaarrr …. Dalam panahan jangankan kena lingkaran, kena sasaran yang lebarnya 1 m x 1 m saja tidak (padahal hanya jarak 10m), belum lagi lengan kiri yang nyeri terkena jepretan bowstring. Dalam kimia komputasi … jangankan running simulasi, menginstal software-nya saja masih gagal terus. Begitu bisa instal software-nya, koq ternyata banyak yang harus diulik menggunakan command line interface. Oh tidaaaaak …

Sepertinya saat melihat senior, apalagi pakarnya, menggunakan perangkat masing-masing, baik panahan maupun kimia komputasi, terasa begitu ringan dan mudah. Hal ini membuat kerumuman yang awalnya semangat belajar jadi memudar berkurang dan tersisa beberapa gelintir saja. Dan, anehnya, DosGil menjadi bagian dari yang tersisa. Mungkin karena DosGil merasa bahwa meski tidak mudah, hal ini suatu hal yang dipelajari, namun perlu ketekunan dan kedisiplinan untuk berlatih tiap hari guna mencapai level presisi tertentu, yang diharapkan. Bahkan sampai level intuisi jika memungkinkan. Gutta cavat lapidem non vi sed saepe cadendo. Tetesan air melubangi batu, bukan karena kekuatannya tapi karena tetesannya yang terus menerus.

Menjadi complicated ketika DosGil memegang peran untuk mengajar. Mengajar sepertinya mudah, memberi contoh juga mudah. Dan mungkin nampak mudah bagi yang melihat. Namun membangunkan inner motivation atau niat ingsun untuk “practice it every day, until you achieve the necessary precision” yang tidak gampang. Dari seratusan lebih murid Guru Drona, hanya Arjuna yang dikenal sebagai satria pemanah yang hebat. Selain itu ada murid yang tidak diterima dan diakui oleh Guru Drona namun tekun berlatih dengan imajinasi dilatih oleh Guru Drona, yaitu Bambang Ekalaya. Satria yang sanggup mengalahkan Arjuna.

Sepertinya DosGil harus belajar cara mengajar dari Guru Drona.

The difficult thing is to encourage students to practice it every day, until they achieve the necessary precision.

*GT C13 | 30 Oktober 2020 21:21 WIB