Lanjut ke konten

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?” (2)

“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”

Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!

Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.

Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020. Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.

### GT-C13, 28 Juli 2020

… karena “Secangkir kopi dan DosGil tidak inkompatibel.”

“We want to do a lot of stuff; we’re not in great shape. We didn’t get a good night’s sleep. We’re a little depressed. Coffee solves all these problems in one delightful little cup.” Jerry Seinfeld

Setiap tulisan di blog sebelumnya (dosengila.wordress.com) selalu diawali dengan kata “Secangkir” dan kata berikutnya yang sering mengikuti adalah “kopi”. DosGil bukan penggemar fanatik kopi. DosGil lebih suka es krim. Sokelat. Namun, saat ini kopi bagi DosGil menjadi sebuah kebutuhan. Secangkir seduhan kopi robusta hampir selalu menemani pagi hari DosGil. Biasanya dinikmati setelah #larithimikthimik ataupun #indoorcycling. Mendekati jam makan siang, kali ini arabika (dan favorit DosGil adalah yang dari Wamena) diseduh untuk mempertahankan melawan rasa kantuk yang sering mulai muncul. Apalagi setelah makan siang. Kopi-kopi itu dinikmati tanpa gula tentunya.

Pola konsumsi kopi ini sudah berkurang banyak dibandingkan saat studi S3 di Belanda dulu. Dulu bisa 5 kali dalam sehari, DosGil menikmati kopi hitam americano tanpa gula. Yaitu, pagi hari sesampainya di lab, coffee break pagi, lunch, coffee break sore dan saat mau pulang. Saat itu, tidak hanya DosGil yang memiliki pola konsumsi kopi seperti ini di lab. Dan, saat ini, katanya sudah masuk era third wave coffee. DosGil mencoba berhitung ampas kopi yang dihasilkan dan kemudian dibuang sia-sia. Memang, banyak penggunaan ulang dari used atau spent coffee grounds ini. Klik di sini untuk melihat beberapa contohnya. Namun yang terbuang percuma pasti jauh lebih banyak.

Saat diwawancara oleh mBak Kumara pada tanggal 2 September 2020 kemarin (Klik di sini untuk melihat wawancaranya), DosGil sempat tercetus kalau fokus riset kali ini salah satunya adalah penemuan obat untuk diabetes. Dan ampas kopi lagi jadi incaran DosGil untuk mendapat senyawa bahan alam yang potensial untuk dikembangkan. Mengapa? Available evidence indicates that coffee consumption is inversely associated with risk of T2D. Jurnal tersebut juga mengidentifikasi kemungkinan mekanisme “inversely associated” ini. Nah, jika seduhan dengan air panas yang hanya sebentar entah itu perkolasi (misal dengan teknik vietnam drip atau coffee presso) atau maserasi (misal dengan di-tubruk, french press, maupun syphon) sudah menghasilkan sajian favorit masing-masing orang dan sudah menimbulkan efek baik untuk kesehatan dalam hal ini inversely associated dengan diabetes tipe 2, maka ampas kopi hampir pasti menyimpan “harta karun” yang bisa dieksplorasi dan dimanfaatkan lebih lanjut. Teknik-teknik ekstraksi yang lazim dan jamak di dunia farmasi bisa digunakan untuk eksplorasi hal ini. Teknik tersebut bisa digunakan untuk memisahkan fraksi atau bahkan senyawa yang dibutuhkan untuk terapi atau pencegahan diabetes dari ampas kopi. Namun sepertinya ini bertentangan dengan Matius 19:6b “Karena itu, apa yang telah dipersatukan Allah, tidak boleh diceraikan manusia.” 😀

*GT C13 | 5 September 2020 12:31 WIB

… karena “Tetiba teringat Agnes Monica.”

Iya. Kemarin DosGil tiba-tiba teringat Agnes Monica. Kangen kali ya … Ini postingan tentang “hubungan” kami … https://dosgil.wordpress.com/2013/01/25/karena-agnes-monica-agnezmo/

… karena “Arti embuh yang baku ternyata bukan tidak tahu”

Ignorance is bliss” (Thomas Gray, 1768)

Tadi malam, sebelum tidur, DosGil entah karena apa tiba-tiba melakukan pencarian di situs Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI) versi daring. Mungkin karena sudah menua, DosGil lupa mau mencari kata apa. Spontan diketiklah kata “embuh” yang dalam Bahasa Jawa kurang lebih artinya “tidak tahu“. Ternyata oh ternyata, kata itu ada dalam KBBI, namun artinya berbeda dengan arti “embuh” dalam Bahasa Jawa. Dalam KBBI, embuh berarti “mau” atau “ingin”. Silakan cek dengan klik di sini.

Embuh merdeka? Merdeka!

* GT C13 – 15 Agustus 2020

[Publikasi Ilmiah] Memulai menulis …

Beberapa tahun terakhir ini, dan semakin marak beberapa bulan ini, mengalir permintaan workshop maupun tips dan tricks menulis untuk publikasi ilmiah. Diduga hal ini dipicu syarat-syarat untuk lulus S2, S3 maupun menekuni karir di bidang akademik di Indonesia yang menempatkan “publikasi ilmiah” di posisi yang penting. DosGil sering mendengar, jabatan akademik seorang dosen terhenti di Lektor atau bahkan Asisten Ahli karena tidak bisa menghasilkan publikasi ilmiah. Ada juga curhat mahasiswa S3 tidak lulus-lulus karena tidak bisa atau sulitnya publikasi di jurnal internasional bereputasi. Hal ini ditambah lagi dengan adanya tool untuk mengecek plagiarism semakin mudah dan murah.

Saat ini publikasi ilmiah naik daun. Dengan 36 publikasi ilmiah internasional terindeks SCOPUS (per 6 Agustus 2020), DosGil bersyukur sudah punya cukup banyak publikasi ilmiah. Hal ini yang diduga menjadi katalis jenjang karir akademik DosGil. Hal ini pula yang menjadikan DosGil sering ditanggap untuk memberikan pelatihan-pelatihan terkait publikasi ilmiah. Suatu hal, yang jujur saja, DosGil menganggap sebagai suatu kesia-siaan. Apalagi harapannya setelah ikut pelatihan, maka besoknya bisa segera publikasi artikel di jurnal ilmiah. “Tidak semudah itu Ferguso!” Apalagi peserta pelatihannya adalah orang-orang yang desperate untuk segera publikasi ilmiah karena terancam dropout maupun karirnya mandeg. Pada pelatihan seperti itu DosGil hanya akan memaparkan apakah itu publikasi ilmiah, peta kualitas jurnal ilmiah, dan mengenalkan dengan Mendeley. Kalau waktunya lebih lama, DosGil bisa memberikan tutorial penggunaan Mendeley untuk pengelolaan referensi, bukan sekedar membuat sitasi dan daftar pustaka. Mengapa mengelola referensi atau bacaan itu penting? Karena untuk bisa memulai menulis, kita harus sudah membaca.

DosGil sering mendapati peserta pelatihan berpikir bahwa untuk bisa memulai publikasi ilmiah diperlukan penelitian yang canggih terkini dan membutuhkan instrumen dan bahan yang mahal. Hal itu tidak sepenuhnya keliru, karena hal-hal tersebut dapat memberikan data breakthrough yang bisa menembus jurnal bereputasi tinggi. Namun, menurut DosGil, itu hanya salah satu alasan saja untuk pembenaran rendahnya produktivitas dalam publikasi ilmiah. Terus apa dong yang lebih tepat? Kalau menurut DosGil, skill menulis harus dilatih dan diusahakan menjadi kebiasaan. Untuk bisa menulis harus ada bahan untuk ditulis, salah satu sumbernya adalah hasil penelitian dan sumber yang mengalir deras bahkan bisa dikatakan very-very low cost adalah artikel-artikel yang sudah dipublikasikan. Atau dengan kata lain menulis artikel tipe kajian pustaka (literature review). Tidak harus systematic literature review, narrative literature review sudah mampu memberikan dampak yang luar biasa. Dalam hal ini sebelum memulai menulis, sangat penting untuk membaca dan mengelola referensi.

Nah, bagi yang sudah kebelet harus publikasi ilmiah, silakan pakai ghost writer saja yang ingin mulai menulis tapi belum membaca apalagi mengelola referensi ilmiah, DosGil sarankan untuk memulai menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Bisa dengan memulai menulis blog, di-private juga okay. Ketika jari-jari ini sudah terbiasa menari untuk menarasikan peristiwa yang dialami penulis, jemari ini akan lincah juga menarasikan peristiwa ilmiah dalam penelitian maupun hasil membaca puluhan artikel ilmiah.

*** Paingan, Ruang Dosen D3, 6 Agustus 2020, 17.25 WIB

[YouTube] Substitusi Nukelofilik Asil

Jadi begini … Karena pandemi Covid-19 ini, pembelajaran banyak dibuat daring. Entah itu flipped learning atau blended learning lah … Maka DosGil pun harus mulai adaptasi dengan membuat tutorial-tutorial online. Ya sudah lah ya … Blog ini saja dijadikan sumbernya atau hub-nya, nanti platform-platform lain bisa ditautkan ke mari, lalu ditautkan lagi di platform pembelajaran yang dipakai. Dibuatlah kategori “Tutorial” di blog ini. Dan sebagai debut silakan dinikmati DosGil ngambyar di YouTube untuk menjelaskan mekanisme reaksi substitusi nukleofilik asil. Sebuah materi pada perkuliahan Kimia Organik.

… karena “Kesempatan bertemu dengan kesiapan”

“Keberuntungan adalah sesuatu yang terjadi ketika kesempatan bertemu dengan kesiapan” (Thomas A. Edison)

 

Sore ini di timeline twitter @dosengila muncul berita tentang penerima beasiswa StuNed2020. Hal ini membawa ingatan DosGil ke sebuah sore di bulan Mei 2006. Sebuah telepon dari NESO (d/h NEC) yang mengingatkan untuk menghadiri wawancara calon penerima beasiswa StuNed, meskipun saat itu hanya sebagai calon cadangan. DosGil pun mematuhi nasihat itu … and the rest is history. Satu hal yang sangat jarang DosGil ungkapkan adalah lokasi dan kondisi DosGil menerima panggilan telepon tersebut. Mengapa? Karena lokasi dan kondisinya adalah di ruang misa requiem di Kamar Jenazah R.S. Panti Rapih Yogyakarta. Pak Imono meninggal dunia. DosGil berduka. Beliau adalah Dekan Pertama dan salah satu pendiri Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma. Institusi tempat DosGil terdaftar sebagai dosen sejak 2003.

Tidak dipungkiri, peluang emas studi di Belanda ini berdampak erat dengan capaian-capaian DosGil sampai saat ini. Akhir tahun 2017 hingga awal tahun 2018, DosGil melengkapi administrasi untuk kenaikan jabtan ke Guru Besar. Pada tanggal 4 Maret 2018, kembali DosGil di ruang yang sama dengan tempat menerima telepon dari NESO, Mama dipanggil Tuhan. Jantungnya sudah lelah berdetak. DosGil kembali berduka.

Beberapa hari terakhir, DosGil disuguhi adegan Enoch meninggal di serial Marvel S.H.I.E.L.D. Sebelum kepergiannya, Enoch diskusi dengan Daisy dan Coulson tentang the circle of life. Ada yang datang dan ada yang pergi. DosGil percaya bahwa segala sesuatu terjadi hanya atas seizin-Nya. Mama sempat bercerita pada DosGil, saat Komandan Lanud Iswahyudi datang mengabarkan bahwa Bapak Hartono meninggal, Mama meminta waktu berdoa dan salah satu doanya adalah memohon keberuntungan bagi anak yatim ini.

Jika keberuntungan sesuai definisi dari Thomas A. Edison seperti dikutip di atas, tidak ada salahnya mempersiapkan diri dengan berbagai hal. Ketika kesempatan itu datang, kita siap. Sehingga kita jadi bagian dari orang-orang yang beruntung. Atau bahkan, jika diizinkan-Nya, kita usahakan untuk menciptakan kesempatan.

Selamat buat StuNeders 2020! Perjuangan panjang baru dimulai.

### GT-C13, 1 Agustus 2020

[AutoDOCK4] Re-dock 10 times

#!/bin/sh
# redock 10 times and also create an output to be docked in PLANTS1.2 for further# analysis with PyPLIF
mkdir rundir<br>cd rundir<br>cp ../../5KIR/protein_H.* .
cp ../../5KIR/5KIR.glg .<br>cp ../../5KIR/5KIR.dpf .
cp ../../5KIR/ligand_RCX601_0.pdbqt .

for i in $(seq 1 10);
do autodock4 -p 5KIR.dpf -l 5KIR.dlg
grep -B5 RANKING 5KIR.dlg > dock_$i.log
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/write_lowest_energy_ligand.py -f 5KIR.dlg -o dock_$i.5KIR.pdbqt
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f dock_$i.5KIR.pdbqt -o dock_$i.5KIR.pdb
~/program/PLANTS/SPORES1.3 --mode complete dock_$i.5KIR.pdb dock_$i.5KIR.mol2
mv dock_$i.* ../
done
cd ..
rm -rf rundir

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?”

“…

kapan lagi kutulis untukmu

tulisan tulisan indahku yang dulu

warna warnai dunia

puisi terindahku hanya untuk mu

…” (Jikustik)

Lagu ini melantun di iPod shuffle saat menunggu panggilan boarding ke pesawat yang akan memberangkatkanku ke Jakarta. Tepat saat smartphone menampilkan foto seorang bidadari yang merayakan wedding anniversary. Hari itu.

***

“En …” bisikan lembut membangunkanku pada suatu pagi, sekitar tiga tahun yang lalu.

“Ya … ?” Kujawab sambil malas-malasan. Enggan untuk bangun.

### macet | Paingan, 22 Desember 2015 | Diteruskan lagi entah kapan …

… karena “Jalan kaki itu lebih dari sekedar luang …”

“All truly great thoughts are conceived while walking” (Friedrich Nietzsche)

Kemarin, iya kemarin hari Jum’at tanggal 7 November 2014, DosGil terpaksa ke Jakarta untuk interview aplikasi visa di Kedutaan Besar Kerajaan Belanda. Selesai interview sekitar pukul 11.30 WIB lanjut maksi bersama seorang sahabat di gedung Menara Karya tempat dia bekerja yang kurang lebih sepelamparan batu jaraknya dari Kedutaan Belanda. Selesai maksi DosGil memutuskan untuk jalan kaki menuju Bandar Udara Halim Perdana Kusuma yang jaraknya menurut Google maps adalah 8,9 km. Maksudnya sih untuk mengetes kekuatan kaki yang setiap hari kerja sudah dipaksa jalan kaki lebih dari 10.000 langkah. Hasilnya adalah karena mendung dan sudah gerimis padahal sih lebih karena sudah lelah dan kepanasan serta  tidak memperhitungkan tas ransel yang sudah sangat membebani maka sekitar kurang 4,7 km dari tujuan DosGil memanggil taksi. Sekitar 10 menit dari DosGil naik Taxi, Jakarta diguyur hujan lebat. Saat jalan kaki itu banyak ide-ide berseliweran di kepala, terutama tentang ide untuk menghentikan jalan kaki ini tanpa merasa bersalah karena seperti melanggar komitmen dengan nurani. Integritas. Untung hujan.

Sesampainya di Jogja, tidur pun sangat nyenyak.

*Paingan, 8 November 2014, 15:30 WIB