Lanjut ke konten

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?” (2)

“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”

Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!

Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.

Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020. Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.

### GT-C13, 28 Juli 2020

… karena “Biarkan bot saja yang mengerjakan hal repetitif”

The first rule of any technology used in a business is that automation applied to an efficient operation will magnify the efficiency. The second is that automation applied to an inefficient operation will magnify the inefficiency.

Bill Gates (https://www.brainyquote.com/topics/automation-quotes)

Jadi DosGil lagi mencoba implementasi induced-fit theory dalam penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) menggunakan AutoDock VINA dan PyPLIF HIPPOS. Konsekuensinya adalah banyaknya target virtual yang harus dipreparasi. Selama ini, preparasi target virtual dan perumusan file konfigurasi dikerjakan manual karena biasanya hanya sekali dalam satu proyek riset. Karena pekerjaannya repetitif dan manusia adalah tempatnya salah, apalagi saat lelah, maka sore yang syahdu ini script untuk membuat file konfigurasi dibuatlah. Lha koq sekalian di-bablas-kan untuk melakukan penambatan ulang, meskipun sekali saja.

#!/bin/sh
SPORES=[path where SPORES is located]/SPORES_64bit
PLANTS=[path where PLANTS is located]/PLANTS1.2_64bit
targetdir=~pwd~
ligname=[ligand name resulted from SPORES --mode splitpdb, without the extension]
radius=5
#Preparing vina.config
$SPORES --mode splitpdb $1
$PLANTS --mode bind $ligname.mol2 $radius protein.mol2

x=~grep center bindingsite.def | awk '{print $2}'~
y=~grep center bindingsite.def | awk '{print $3}'~
z=~grep center bindingsite.def | awk '{print $4}'~
diameter=~grep radius bindingsite.def | awk '{print 2*$2}'~

echo "receptor = $targetdir/protein.pdbqt" > vina.config
echo "ligand = ligand.pdbqt" >> vina.config
echo "num_modes = 10" >> vina.config
echo "energy_range = 5" >> vina.config
echo "cpu = 4" >> vina.config
echo "log = out.log" >> vina.config
echo "center_x = $x" >> vina.config
echo "center_y = $y" >> vina.config
echo "center_z = $z" >> vina.config
echo "size_x = $diameter" >> vina.config
echo "size_y = $diameter" >> vina.config
echo "size_z = $diameter" >> vina.config
#Re-docking using VINA
ADFRbin=[path where ADFRSuite is located]/ADFRsuite_x86_64Linux_1.0/bin
vina=[path where AutoDock Vina is located]/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina
$ADFRbin/prepare_receptor -r protein.mol2
cp $ligname.mol2 ligand.mol2
$ADFRbin/prepare_ligand -l ligand.mol2
$vina --config vina.config
#usage: ./namafileini.sh [kompleks-protein-ligan.pdb]

Oh ya … script di atas sudah berhasil diujicobakan di CentOS 7 terinstal PLANTS, SPORES, AutoDock Vina dan ADFR Suite. Dan … sebelum di-run, itu “~” diganti dulu dengan “`” .

… karena “Sepertinya DosGil harus mengevaluasi cara mengajarnya.”

What is the way of the bow? Can you teach me?

(The way of the bow; Paulo Coelho)

Pertanyaannya tersebut dijawab oleh Sang Master seperti berikut, “Teaching it isn’t hard. I could do that in less than an hour. The difficult thing is to practice it every day, until you achieve the necessary precision.”

Potongan diskusi dari buku Paulo Coelho yang versi Bahasa Inggris-nya akan di-launch pertengahan November 2020 tersebut cukup mak jleb menghujam pikiran DosGil. Membuat benak DosGil kembali memutar proses awal-awal belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Dan membandingkannya dengan latihan memanah yang sempat membawa DosGil masuk 10 besar dalam Open Archery Championship 2017.

Iya … sepertinya mirip belajar panahan dan belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Diawali dengan melihat (dan bergumam “koq asyik dan nampak mudah”) lalu dikenalkan dengan alat-alat dan kegunaan masing-masing (dan hanya manggut-manggut dan komentar “iya-iya” supaya segera diperbolehkan mencoba). Dan ketika tiba saatnya benar-benar mencoba pertama kali … whoaaaa koq ambyaarrr …. Dalam panahan jangankan kena lingkaran, kena sasaran yang lebarnya 1 m x 1 m saja tidak (padahal hanya jarak 10m), belum lagi lengan kiri yang nyeri terkena jepretan bowstring. Dalam kimia komputasi … jangankan running simulasi, menginstal software-nya saja masih gagal terus. Begitu bisa instal software-nya, koq ternyata banyak yang harus diulik menggunakan command line interface. Oh tidaaaaak …

Sepertinya saat melihat senior, apalagi pakarnya, menggunakan perangkat masing-masing, baik panahan maupun kimia komputasi, terasa begitu ringan dan mudah. Hal ini membuat kerumuman yang awalnya semangat belajar jadi memudar berkurang dan tersisa beberapa gelintir saja. Dan, anehnya, DosGil menjadi bagian dari yang tersisa. Mungkin karena DosGil merasa bahwa meski tidak mudah, hal ini suatu hal yang dipelajari, namun perlu ketekunan dan kedisiplinan untuk berlatih tiap hari guna mencapai level presisi tertentu, yang diharapkan. Bahkan sampai level intuisi jika memungkinkan. Gutta cavat lapidem non vi sed saepe cadendo. Tetesan air melubangi batu, bukan karena kekuatannya tapi karena tetesannya yang terus menerus.

Menjadi complicated ketika DosGil memegang peran untuk mengajar. Mengajar sepertinya mudah, memberi contoh juga mudah. Dan mungkin nampak mudah bagi yang melihat. Namun membangunkan inner motivation atau niat ingsun untuk “practice it every day, until you achieve the necessary precision” yang tidak gampang. Dari seratusan lebih murid Guru Drona, hanya Arjuna yang dikenal sebagai satria pemanah yang hebat. Selain itu ada murid yang tidak diterima dan diakui oleh Guru Drona namun tekun berlatih dengan imajinasi dilatih oleh Guru Drona, yaitu Bambang Ekalaya. Satria yang sanggup mengalahkan Arjuna.

Sepertinya DosGil harus belajar cara mengajar dari Guru Drona.

The difficult thing is to encourage students to practice it every day, until they achieve the necessary precision.

*GT C13 | 30 Oktober 2020 21:21 WIB

… karena “Secangkir kopi dan DosGil tidak inkompatibel.”

“We want to do a lot of stuff; we’re not in great shape. We didn’t get a good night’s sleep. We’re a little depressed. Coffee solves all these problems in one delightful little cup.” Jerry Seinfeld

Setiap tulisan di blog sebelumnya (dosengila.wordress.com) selalu diawali dengan kata “Secangkir” dan kata berikutnya yang sering mengikuti adalah “kopi”. DosGil bukan penggemar fanatik kopi. DosGil lebih suka es krim. Sokelat. Namun, saat ini kopi bagi DosGil menjadi sebuah kebutuhan. Secangkir seduhan kopi robusta hampir selalu menemani pagi hari DosGil. Biasanya dinikmati setelah #larithimikthimik ataupun #indoorcycling. Mendekati jam makan siang, kali ini arabika (dan favorit DosGil adalah yang dari Wamena) diseduh untuk mempertahankan melawan rasa kantuk yang sering mulai muncul. Apalagi setelah makan siang. Kopi-kopi itu dinikmati tanpa gula tentunya.

Pola konsumsi kopi ini sudah berkurang banyak dibandingkan saat studi S3 di Belanda dulu. Dulu bisa 5 kali dalam sehari, DosGil menikmati kopi hitam americano tanpa gula. Yaitu, pagi hari sesampainya di lab, coffee break pagi, lunch, coffee break sore dan saat mau pulang. Saat itu, tidak hanya DosGil yang memiliki pola konsumsi kopi seperti ini di lab. Dan, saat ini, katanya sudah masuk era third wave coffee. DosGil mencoba berhitung ampas kopi yang dihasilkan dan kemudian dibuang sia-sia. Memang, banyak penggunaan ulang dari used atau spent coffee grounds ini. Klik di sini untuk melihat beberapa contohnya. Namun yang terbuang percuma pasti jauh lebih banyak.

Saat diwawancara oleh mBak Kumara pada tanggal 2 September 2020 kemarin (Klik di sini untuk melihat wawancaranya), DosGil sempat tercetus kalau fokus riset kali ini salah satunya adalah penemuan obat untuk diabetes. Dan ampas kopi lagi jadi incaran DosGil untuk mendapat senyawa bahan alam yang potensial untuk dikembangkan. Mengapa? Available evidence indicates that coffee consumption is inversely associated with risk of T2D. Jurnal tersebut juga mengidentifikasi kemungkinan mekanisme “inversely associated” ini. Nah, jika seduhan dengan air panas yang hanya sebentar entah itu perkolasi (misal dengan teknik vietnam drip atau coffee presso) atau maserasi (misal dengan di-tubruk, french press, maupun syphon) sudah menghasilkan sajian favorit masing-masing orang dan sudah menimbulkan efek baik untuk kesehatan dalam hal ini inversely associated dengan diabetes tipe 2, maka ampas kopi hampir pasti menyimpan “harta karun” yang bisa dieksplorasi dan dimanfaatkan lebih lanjut. Teknik-teknik ekstraksi yang lazim dan jamak di dunia farmasi bisa digunakan untuk eksplorasi hal ini. Teknik tersebut bisa digunakan untuk memisahkan fraksi atau bahkan senyawa yang dibutuhkan untuk terapi atau pencegahan diabetes dari ampas kopi. Namun sepertinya ini bertentangan dengan Matius 19:6b “Karena itu, apa yang telah dipersatukan Allah, tidak boleh diceraikan manusia.” 😀

*GT C13 | 5 September 2020 12:31 WIB

… karena “Tetiba teringat Agnes Monica.”

Iya. Kemarin DosGil tiba-tiba teringat Agnes Monica. Kangen kali ya … Ini postingan tentang “hubungan” kami … https://dosgil.wordpress.com/2013/01/25/karena-agnes-monica-agnezmo/

… karena “Arti embuh yang baku ternyata bukan tidak tahu”

Ignorance is bliss” (Thomas Gray, 1768)

Tadi malam, sebelum tidur, DosGil entah karena apa tiba-tiba melakukan pencarian di situs Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI) versi daring. Mungkin karena sudah menua, DosGil lupa mau mencari kata apa. Spontan diketiklah kata “embuh” yang dalam Bahasa Jawa kurang lebih artinya “tidak tahu“. Ternyata oh ternyata, kata itu ada dalam KBBI, namun artinya berbeda dengan arti “embuh” dalam Bahasa Jawa. Dalam KBBI, embuh berarti “mau” atau “ingin”. Silakan cek dengan klik di sini.

Embuh merdeka? Merdeka!

* GT C13 – 15 Agustus 2020

[Publikasi Ilmiah] Memulai menulis …

Beberapa tahun terakhir ini, dan semakin marak beberapa bulan ini, mengalir permintaan workshop maupun tips dan tricks menulis untuk publikasi ilmiah. Diduga hal ini dipicu syarat-syarat untuk lulus S2, S3 maupun menekuni karir di bidang akademik di Indonesia yang menempatkan “publikasi ilmiah” di posisi yang penting. DosGil sering mendengar, jabatan akademik seorang dosen terhenti di Lektor atau bahkan Asisten Ahli karena tidak bisa menghasilkan publikasi ilmiah. Ada juga curhat mahasiswa S3 tidak lulus-lulus karena tidak bisa atau sulitnya publikasi di jurnal internasional bereputasi. Hal ini ditambah lagi dengan adanya tool untuk mengecek plagiarism semakin mudah dan murah.

Saat ini publikasi ilmiah naik daun. Dengan 36 publikasi ilmiah internasional terindeks SCOPUS (per 6 Agustus 2020), DosGil bersyukur sudah punya cukup banyak publikasi ilmiah. Hal ini yang diduga menjadi katalis jenjang karir akademik DosGil. Hal ini pula yang menjadikan DosGil sering ditanggap untuk memberikan pelatihan-pelatihan terkait publikasi ilmiah. Suatu hal, yang jujur saja, DosGil menganggap sebagai suatu kesia-siaan. Apalagi harapannya setelah ikut pelatihan, maka besoknya bisa segera publikasi artikel di jurnal ilmiah. “Tidak semudah itu Ferguso!” Apalagi peserta pelatihannya adalah orang-orang yang desperate untuk segera publikasi ilmiah karena terancam dropout maupun karirnya mandeg. Pada pelatihan seperti itu DosGil hanya akan memaparkan apakah itu publikasi ilmiah, peta kualitas jurnal ilmiah, dan mengenalkan dengan Mendeley. Kalau waktunya lebih lama, DosGil bisa memberikan tutorial penggunaan Mendeley untuk pengelolaan referensi, bukan sekedar membuat sitasi dan daftar pustaka. Mengapa mengelola referensi atau bacaan itu penting? Karena untuk bisa memulai menulis, kita harus sudah membaca.

DosGil sering mendapati peserta pelatihan berpikir bahwa untuk bisa memulai publikasi ilmiah diperlukan penelitian yang canggih terkini dan membutuhkan instrumen dan bahan yang mahal. Hal itu tidak sepenuhnya keliru, karena hal-hal tersebut dapat memberikan data breakthrough yang bisa menembus jurnal bereputasi tinggi. Namun, menurut DosGil, itu hanya salah satu alasan saja untuk pembenaran rendahnya produktivitas dalam publikasi ilmiah. Terus apa dong yang lebih tepat? Kalau menurut DosGil, skill menulis harus dilatih dan diusahakan menjadi kebiasaan. Untuk bisa menulis harus ada bahan untuk ditulis, salah satu sumbernya adalah hasil penelitian dan sumber yang mengalir deras bahkan bisa dikatakan very-very low cost adalah artikel-artikel yang sudah dipublikasikan. Atau dengan kata lain menulis artikel tipe kajian pustaka (literature review). Tidak harus systematic literature review, narrative literature review sudah mampu memberikan dampak yang luar biasa. Dalam hal ini sebelum memulai menulis, sangat penting untuk membaca dan mengelola referensi.

Nah, bagi yang sudah kebelet harus publikasi ilmiah, silakan pakai ghost writer saja yang ingin mulai menulis tapi belum membaca apalagi mengelola referensi ilmiah, DosGil sarankan untuk memulai menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Bisa dengan memulai menulis blog, di-private juga okay. Ketika jari-jari ini sudah terbiasa menari untuk menarasikan peristiwa yang dialami penulis, jemari ini akan lincah juga menarasikan peristiwa ilmiah dalam penelitian maupun hasil membaca puluhan artikel ilmiah.

*** Paingan, Ruang Dosen D3, 6 Agustus 2020, 17.25 WIB

[YouTube] Substitusi Nukelofilik Asil

Jadi begini … Karena pandemi Covid-19 ini, pembelajaran banyak dibuat daring. Entah itu flipped learning atau blended learning lah … Maka DosGil pun harus mulai adaptasi dengan membuat tutorial-tutorial online. Ya sudah lah ya … Blog ini saja dijadikan sumbernya atau hub-nya, nanti platform-platform lain bisa ditautkan ke mari, lalu ditautkan lagi di platform pembelajaran yang dipakai. Dibuatlah kategori “Tutorial” di blog ini. Dan sebagai debut silakan dinikmati DosGil ngambyar di YouTube untuk menjelaskan mekanisme reaksi substitusi nukleofilik asil. Sebuah materi pada perkuliahan Kimia Organik.

… karena “Kesempatan bertemu dengan kesiapan”

“Keberuntungan adalah sesuatu yang terjadi ketika kesempatan bertemu dengan kesiapan” (Thomas A. Edison)

 

Sore ini di timeline twitter @dosengila muncul berita tentang penerima beasiswa StuNed2020. Hal ini membawa ingatan DosGil ke sebuah sore di bulan Mei 2006. Sebuah telepon dari NESO (d/h NEC) yang mengingatkan untuk menghadiri wawancara calon penerima beasiswa StuNed, meskipun saat itu hanya sebagai calon cadangan. DosGil pun mematuhi nasihat itu … and the rest is history. Satu hal yang sangat jarang DosGil ungkapkan adalah lokasi dan kondisi DosGil menerima panggilan telepon tersebut. Mengapa? Karena lokasi dan kondisinya adalah di ruang misa requiem di Kamar Jenazah R.S. Panti Rapih Yogyakarta. Pak Imono meninggal dunia. DosGil berduka. Beliau adalah Dekan Pertama dan salah satu pendiri Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma. Institusi tempat DosGil terdaftar sebagai dosen sejak 2003.

Tidak dipungkiri, peluang emas studi di Belanda ini berdampak erat dengan capaian-capaian DosGil sampai saat ini. Akhir tahun 2017 hingga awal tahun 2018, DosGil melengkapi administrasi untuk kenaikan jabtan ke Guru Besar. Pada tanggal 4 Maret 2018, kembali DosGil di ruang yang sama dengan tempat menerima telepon dari NESO, Mama dipanggil Tuhan. Jantungnya sudah lelah berdetak. DosGil kembali berduka.

Beberapa hari terakhir, DosGil disuguhi adegan Enoch meninggal di serial Marvel S.H.I.E.L.D. Sebelum kepergiannya, Enoch diskusi dengan Daisy dan Coulson tentang the circle of life. Ada yang datang dan ada yang pergi. DosGil percaya bahwa segala sesuatu terjadi hanya atas seizin-Nya. Mama sempat bercerita pada DosGil, saat Komandan Lanud Iswahyudi datang mengabarkan bahwa Bapak Hartono meninggal, Mama meminta waktu berdoa dan salah satu doanya adalah memohon keberuntungan bagi anak yatim ini.

Jika keberuntungan sesuai definisi dari Thomas A. Edison seperti dikutip di atas, tidak ada salahnya mempersiapkan diri dengan berbagai hal. Ketika kesempatan itu datang, kita siap. Sehingga kita jadi bagian dari orang-orang yang beruntung. Atau bahkan, jika diizinkan-Nya, kita usahakan untuk menciptakan kesempatan.

Selamat buat StuNeders 2020! Perjuangan panjang baru dimulai.

### GT-C13, 1 Agustus 2020

[AutoDOCK4] Re-dock 10 times

#!/bin/sh
# redock 10 times and also create an output to be docked in PLANTS1.2 for further# analysis with PyPLIF
mkdir rundir<br>cd rundir<br>cp ../../5KIR/protein_H.* .
cp ../../5KIR/5KIR.glg .<br>cp ../../5KIR/5KIR.dpf .
cp ../../5KIR/ligand_RCX601_0.pdbqt .

for i in $(seq 1 10);
do autodock4 -p 5KIR.dpf -l 5KIR.dlg
grep -B5 RANKING 5KIR.dlg > dock_$i.log
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/write_lowest_energy_ligand.py -f 5KIR.dlg -o dock_$i.5KIR.pdbqt
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f dock_$i.5KIR.pdbqt -o dock_$i.5KIR.pdb
~/program/PLANTS/SPORES1.3 --mode complete dock_$i.5KIR.pdb dock_$i.5KIR.mol2
mv dock_$i.* ../
done
cd ..
rm -rf rundir