Skip to content

[AutoDOCK4] Re-dock 10 times

#!/bin/sh
# redock 10 times and also create an output to be docked in PLANTS1.2 for further
# analysis with PyPLIF

mkdir rundir
cd rundir
cp ../../5KIR/protein_H.* .
cp ../../5KIR/5KIR.glg .
cp ../../5KIR/5KIR.dpf .
cp ../../5KIR/ligand_RCX601_0.pdbqt .

for i in $(seq 1 10);
do
autodock4 -p 5KIR.dpf -l 5KIR.dlg
grep -B5 RANKING 5KIR.dlg > dock_$i.log
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/write_lowest_energy_ligand.py -f 5KIR.dlg -o dock_$i.5KIR.pdbqt
python /usr/share/pyshared/AutoDockTools/Utilities24/pdbqt_to_pdb.py -f dock_$i.5KIR.pdbqt -o dock_$i.5KIR.pdb
~/program/PLANTS/SPORES1.3 –mode complete dock_$i.5KIR.pdb dock_$i.5KIR.mol2
mv dock_$i.* ../
done
cd ..
rm -rf rundir

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?”

“…

kapan lagi kutulis untukmu

tulisan tulisan indahku yang dulu

warna warnai dunia

puisi terindahku hanya untuk mu

…” (Jikustik)

Lagu ini melantun di iPod shuffle saat menunggu panggilan boarding ke pesawat yang akan memberangkatkanku ke Jakarta. Tepat saat smartphone menampilkan foto seorang bidadari yang merayakan wedding anniversary. Hari itu.

***

“En …” bisikan lembut membangunkanku pada suatu pagi, sekitar tiga tahun yang lalu.

“Ya … ?” Kujawab sambil malas-malasan. Enggan untuk bangun.

### macet | Paingan, 22 Desember 2015 | Diteruskan lagi entah kapan …

… karena “Jalan kaki itu lebih dari sekedar luang …”

“All truly great thoughts are conceived while walking” (Friedrich Nietzsche)

Kemarin, iya kemarin hari Jum’at tanggal 7 November 2014, DosGil terpaksa ke Jakarta untuk interview aplikasi visa di Kedutaan Besar Kerajaan Belanda. Selesai interview sekitar pukul 11.30 WIB lanjut maksi bersama seorang sahabat di gedung Menara Karya tempat dia bekerja yang kurang lebih sepelamparan batu jaraknya dari Kedutaan Belanda. Selesai maksi DosGil memutuskan untuk jalan kaki menuju Bandar Udara Halim Perdana Kusuma yang jaraknya menurut Google maps adalah 8,9 km. Maksudnya sih untuk mengetes kekuatan kaki yang setiap hari kerja sudah dipaksa jalan kaki lebih dari 10.000 langkah. Hasilnya adalah karena mendung dan sudah gerimis padahal sih lebih karena sudah lelah dan kepanasan serta  tidak memperhitungkan tas ransel yang sudah sangat membebani maka sekitar kurang 4,7 km dari tujuan DosGil memanggil taksi. Sekitar 10 menit dari DosGil naik Taxi, Jakarta diguyur hujan lebat. Saat jalan kaki itu banyak ide-ide berseliweran di kepala, terutama tentang ide untuk menghentikan jalan kaki ini tanpa merasa bersalah karena seperti melanggar komitmen dengan nurani. Integritas. Untung hujan.

Sesampainya di Jogja, tidur pun sangat nyenyak.

*Paingan, 8 November 2014, 15:30 WIB

… karena “Tuhan sertamu …”

“Good Morning! Good Afternoon! Good Night! These are not just mere greetings.
They are powerful blessings, setting the best vibration for the day. Hence, whether it is morning, afternoon or night, make sure that you say your greeting right!” (Franco Santoro
)

Hai, selamat pagi/sore/malam! Tuhan sertamu.

*Paingan, 29 Okotober 2014, 09:09 WIB

… karena “Saat belum bisa memutuskan, selalu ada koin …”

“Dan Tuhan tidak bermain dadu.” (Einstein)

 

Wow … sudah hampir 7 bulan tidak menulis di blog ini. (Sok) sibuk? Iya. Namun hiruk pikuk pilpres ini membuat DosGil ingin berbagi tips kala tidak bisa mengambil keputusan karena banyak pertimbangan dan waktu pengambilan keputusan sangat singkat. Apakah ini artinya DosGil belum punya pilihan terkait pilpres 9 Juli mendatang? Hmmmm … lahacia …. :p

Ketika “dipojokkan” dengan situasi seperti digambarkan di paragraf di atas, DosGil sangat percaya bahwa “Tuhan tidak bermain dadu”. Oleh karena itu cukup doa singkat (bagi yang beragama) dan serahkan pada undian. “In random we trust!” Hal ini sangat praktis dan juga strategis. Kala ragu-ragu, kala mengambil keputusan ya/tidak baik penting (Misal: Makan sate/lotek? Terserah?) atau yang cukup vital (Misal: Ambil tawaran S3/tunda?), undian sangat praktis. Hal yang berat adalah saat mengemban tanggung jawab atau konsekuensi dari keputusan yang diambil berdasar undian. Tapi tetap, setiap pilihan mengandung konsekuensinya dan lambat dalam mengambil keputusan juga memiliki konsekuensi tersendiri.

Jadi kepada para pemilih galau yang hingga akan masuk bilik suara masih galau, silakan siapkan koin seribu rupiah dan berlatih melempar-menangkap koin untuk membantu atau install di smartphone aplikasi berikut yang sangat praktis menggantikan koin:  https://play.google.com/store/apps/details?id=ru.alexanderklimov.magic8ball&hl=en

 

*Paingan, 1 Juli 2014, 15:11 WIB

… karena “Resolusi pun hanya sebuah rencana …”

“If you fail to plan, you are planning to fail!” (Benyamin Franklin)

Setelah tahun lalu merumuskan resolusi 2013do nothing and smell roses along the way” untuk mewujudkan tujuan-tujuan baru, maka tahun ini resolusinya adalah menjali rencana-rencana pencapaian tujuan tersebut. Apa saja? Hmm … tujuan jangka panjangnya 1: … bla bla bla (lahacia dan terlalu klise jadi tidak usahlah disampaikan di sini) dengan tujuan jangka menengah: 1. meluncurkan obat pencegahan kaker payudara di pasar dan 2. meluncurkan kurikulum dan kelengkapannya untuk mendidik kolega-kolega kimiawan medisinal komputasi di Indonesia. Untuk tahun 2014? Hahaha … menjalani road map yang sudah disusun untuk mencapai 2 tujuan tadi. Nah resolusi pendukung untuk bisa eksekusi rencana itu adalah: menjaga kesehatan jasmani (dan rohani) dengan menurunkan berat badan ke kisaran 80-an kg dan rutin olahraga (lagi) serta memiliki MTIX biar lebih mudah merencanakan nonton pelem di bioskop.

Kuatir? Iya. Tahun 2014 ini DosGil merasa negara Indonesia berada di ambang bahaya. Mengapa? “Revolusi” yang terjadi dengan adanya UU Desa dan UU tentang Aparat Sipil Negara dengan katalis PEMILU 2014 untuk legistalitf dan eksekutif. Mau dibawa kemana Indonesia tempat DosGil berada? Entah. Yang jelas gelombang dahsyat akan menerpa. Siapkan papan selancar atau barak-barak pengungsian/perlindungan?

Selamat Tahun Baru 2014!

*Paingan, 2 Januari 2014, 09:15 WIB

[R: function] Leave-one-out cross-validation r-squared (q-squared)

Contoh untuk data dalam bentuk tabel (misal bernama “data”) dengan variabel tergantung di kolom pertama dan dua variabel bebas di kolom kedua dan ketiga. Untuk kasus berbeda jumlah variabel bebas silakan diadaptasi.

Script:

qsquared.lm <- function(dataframe){

ori.y=dataframe[,1]
ori.x1=dataframe[,2]
ori.x2=dataframe[,3]
reg=lm(ori.y~ori.x1+ori.x2)
sum.reg=summary(reg)
print(sum.reg$r.squared)

new.y=NULL

for (i in 1:length(ori.y)){
y=dataframe[-i,1]
x1=dataframe[-i,2]
x2=dataframe[-i,3]
reg=lm(y~x1+x2)
ybaru=(coef(reg)[1])+(coef(reg)[2]*data[i,2])+(coef(reg)[3]*data[i,3])
z=data.frame(ybaru)[1,1]
new.y=c(new.y,z)
}
new.y=data.frame(new.y)
print(new.y)
sum.regbaru=summary(lm(ori.y~new.y$new.y))
print(“q.squared=”)
print(sum.regbaru$r.squared)
}

Cara penggunaan:

qsquared.lm(data)