Lanjut ke konten

… karena “Kata-kata yang hilang haruskah dicari?” (2)

“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”

Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!

Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.

Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020. Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.

### GT-C13, 28 Juli 2020

… karena “Perlunya rilis pdb2plif.sh dan berikut tutorial singkatnya …”

One Ring to rule them all, One Ring to find them, One Ring to bring them all, and in the darkness bind them

― The Lord of the Ring by J.R.R. Tolkien

Jadi begini gaes … setelah merilis dua postingan sebelum ini, sel-sel kelabu di kepala sulit berhenti berputar untuk mewujudkan saran dari salah satu reviewer anonim pada publikasi PyPLIF HIPPOS. Saran itu adalah membuat PyPLIF HIPPOS lebih universal yang bisa membaca semua luaran hasil simulasi penambatan molekul. Saat ini PyPLIF HIPPOS, dan juga sesuai judul publikasinya, memang hanya bisa membaca luaran simulasi penambatan molekul dari PLANTS atau AutoDock Vina. Mewujudkan saran dari reviewer tersebut dirasa hampir mustahil mengingat perkembangan jumlah dan jenis software simulasi penambatan molekul dengan ciri khasnya masing-masing. Meskipun demikian, ada satu tipe file yang mirip “the One Ring” dalam The Lord of the Ring, yaitu file dengan format pdb. Oleh karena itu, workaround untuk mewujudkan saran tersebut, dibuatlah semacam tool dengan memanfaatkan PyPLIF HIPPOS untuk membaca kompleks protein-ligan dalam format pdb. Kompleks tersebut bisa berasal dari segala sumber termasuk dari software penambatan molekul apapun. Tool tersebut dapat diakses di https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif. Jika sudah berhasil melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait seperti yang dipaparkan di sini, maka tool pdb2plif ini seharusnya akan berjalan dengan smooth.

Baiklah, berikut tutorial langkah demi langkah, diawali dengan membuka WSL Ubuntu 20.04 di Windows 10:

cd programs
wget https://github.com/enade-istyastono/pdb2plif/archive/refs/heads/main.zip
unzip main.zip
rm main.zip
cd pdb2plif-main
chmod u+x 
chmod u+x pdb2plif.sh
cd

Pada tahapan ini pdb2plif sudah siap digunakan. Mari kita gunakan kompleks HUX-Asetilkolinesterase sebagai input file, maka berikut tahapannya:

mkdir hux-ache #buat directory tersendiri biar rapi
cd hux-ache
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 1E66.pdb
ls ligand*

Dari hasil “ls ligand*” diketahui bahwa hanya ada satu file ligand, hal yang jamak jika ini hasil penambatan molekul, namun hal yang cukup langka jika ini kompleks dari unduhan PDB. Dalam hal ini file tersebut adalah “ligand_HUX803_0.mol2″. Nah, pdb2plif siap digunakan. Sesuai petunjuknya di github, cara pakainya adalah” [pdb2plif.sh] [nama file kompleks protein-ligand dalam format pdb] [nama file ligand yang kita ketahui dari running SPORES sebelumnya] …

~/programs/pdb2plif-main/pdb2plif.sh 1E66.pdb ligand_HUX803_0.mol2

Selesai. Indikasi keberhasilan adalah adanya file-file berikut: “plif_full.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms) dan “plif_nobb.txt” (yang berisi nama_pose diikuti score ChemPLP hasil rescore, dan PLIF bitstring yang melibatkan backbone atoms) . Misal dibaca dengan perintah “cat plif_full.txt plif_nobb.txt”, maka akan didapat luaran teks sebagai berikut:

1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000100000010000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000010000000000000000000000000000000000
1E66_01          -113.276  000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000000000000000000101000010000001000000101000000000000000000000000000000000000000

Apa maksud dari luaran tersebut? Hmmm … sepertinya perlu dibuat tool tambahan dengan luaran PyPLIF HIPPOS ini sebagai input file supaya lebih mudah dibaca “manusia”. Wah … sel-sel kelabu DosGil jadi berputar kencang lagi ini … Untuk kali ini, dicukupkan sampai di sini.

### GT-C13, 14 Mei 2021 | 17:20 WIB | Lebaran Idul Fitri hari ke-2.

… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga … (2)”

Ada yang ketinggalan gaes

DosGil di postingan sebelum ini, lupa memaparkan instalasi tools yang diperlukan untuk preparasi receptor maupun ligand untuk simulasi penambatan molekul menggunakan AutoDock Vina. Biasanya menggunakan script yang disediakan di AutoDockTools, namun di Ubuntu 20.04 ini tidak bisa diinstalasi dengan “sudo apt-get install” biasa. Dan ketika mencoba menginstal padanan-padanannya selalu terkendala dengan perbedaan versi python yang digunakan. DosGil pun mencoba berbagai cara, … dan cara pertama yang sukses adalah dengan menggunakan miniconda. Pertama diawali dengan mengunduh dan menginstal miniconda.

cd programs
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Nah, pada tahapan ini pertanyaan-pertanyan interaktif diikuti terus secara default … kecuali yang terakhir (sepertinya yang ke-3) pilih “yes” meskipun default-nya “no”. Lalu Ubuntu-nya di-restart. Karena saat install miniconda diakhiri dengan “yes” maka tiap masuk ubuntu sudah otomatis masuk environment “base”. Kemudian kita install python 2.7 di environment conda. Dilanjutkan membuat environment “myenv” dengan python 2.7 sebagai versi default-nya.

(base) conda deactivate 
conda install python=2.7.18
conda create -n "myenv" python=2.7.17 ipython

Setelah ini kita akan masuk environment “myenv” dilanjutkan dengan install autodocktools-prepare.

conda activate myenv
(myenv) conda install -c insilichem autodocktools-prepare

Selesai. Siap dimanfaatkan. Berikut contoh perintah untuk memanfaatkannya:

#preparasi receptor:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_receptor4.py -r protein.mol2
#preparasi ligand:
(myenv) ~/miniconda3/envs/myenv/bin/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2

Dua perintah tersebut di atas akan menghasilkan file protein.pdbqt dan ligand.pdbqt yang siap dijalankan di AutoDock Vina. Saran DosGil, masuk ke “myenv” hanya untuk preparasi saja. Simulasi dan lain-lain dilakukan di luar conda. Berikut contoh running dan hasil AutoDock Vina menggunakan hasil preparasi di atas:

(myenv) conda deactivate
vina --score_only --receptor protein.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --log out.log
#################################################################
# If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          #
#                                                               #
# O. Trott, A. J. Olson,                                        #
# AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    #
# with a new scoring function, efficient optimization and       #
# multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  #
# 455-461                                                       #
#                                                               #
# DOI 10.1002/jcc.21334                                         #
#                                                               #
# Please see http://vina.scripps.edu for more information.      #
#################################################################

Detected 4 CPUs
Reading input ... done.
Setting up the scoring function ... done.
Affinity: -6.86911 (kcal/mol)
Intermolecular contributions to the terms, before weighting:
    gauss 1     : 67.44924
    gauss 2     : 1264.66048
    repulsion   : 3.75296
    hydrophobic : 28.66064
    Hydrogen    : 2.55637

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Semoga bermanfaat …

### Paingan, 11 Mei 2021 | 17:47 WIB.

… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga …”

Panta rhei kai uden menei …

Herakleitos

Jadi sepertinya kita batal ke pantai, soalnya itu hujan lagi … *krik-krik-krik

Perubahan itu pasti dan perubahan yang berdampak pada sukses atau gagalnya mengoperasikan PyPLIF HIPPOS adalah perubahan dari python ke python3 dalam sistem operasi yang cukup populer digunakan di kalangan kimia medisinal Indonesia, yaitu Ubuntu. Versi long-term services (LTS) terbaru yaitu Ubuntu 20.04 sudah melakukan transisi ini. Hal ini berakibat pada gagalnya instalasi PyPLIF HIPPOS, yang tidak pakai versi conda, jika mengikuti tutorial resmi di sini. Jika instalasi saja gagal. maka riset-riset seperti yang dipublikasikan di jurnal-jurnal Q1 ini juga tidak mungkin dilaksanakan. Oleh karena itu, DosGil memutuskan untuk merilis tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS di Ubuntu 20.04 ini.

Instalasi ini diawali dengan instalasi Ubuntu 20.04 LTS di laptop dengan OS Windows 10 milik DosGil, dengan memanfaatkan WSL versi 1. Mengapa tidak WSL versi 2? Karena DosGil berencana menggunakan file-file-nya secara interchangeable baik di Ubuntu maupun di Windows. Alasan utamanya adalah menghemat ruang di diska penyimpanan. Bagi yang sudah punya laptop atau PC dengan OS Windows 10 tapi belum instal WSL versi 1 pun Ubuntu 20.04 LTS dapat memilih salah satu tutorial di sini, yang salah satunya menuju ke YouTube ini.

Nah, setelah Ubuntu 20.04 ini di-launch berikut perintah-perintah yang harus diketikkan (atau dikopi-paste-kan dari dari postingan ini) untuk melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait untuk bisa melakukan penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) secara otomatis:

sudo apt-get update
sudo apt-get install python-is-python3
sudo apt-get install autodock-vina
sudo apt-get install openbabel
sudo apt-get install python3-openbabel
sudo apt-get install python3-bitarray
sudo apt-get install python3-numpy
sudo apt-get install zip

Di tiap baris perintah di atas ada beberapa pertanyaan interaktif yang harus direspon seperti “yes” atau klik tombil [Enter] … diikuti saja sampai selesai. Oh ya, AutoDock Vina dan juga Open Babel sudah terinstal sesuai dengan baris ke-3 dan ke-4 perintah di atas. Lalu karena DosGil lebih suka menyimpan software dalam folder atau directory tersendiri, maka berikut adalah perintah-perintah selanjutnya:

mkdir programs
cd programs
wget https://github.com/radifar/PyPLIF-HIPPOS/archive/refs/tags/0.1.2.zip
unzip 0.1.2.zip
rm 0.1.2.zip
cd PyPLIF-HIPPOS-0.1.2/
./setup.sh

Akan muncul pertanyaan berikut:

HIPPOS will be installed in /home/enade/.hippos, do you want to install it in another directory?
> [y]es/[n]o, default: n

Jawab saja dengan “n”. Maka akan muncul tampilan sebagai berikut:

> n
HIPPOS successfully installed

Hyoi … sampai di sini kisah kita, jangan tangisi keadaannya. Bukan karena kita berbeda … *you-sing-you-lose PyPLIF HIPPOS sudah terinstal. Kalau mau dicoba, Ubuntu bisa di-restart dulu.

Eh iya, ada dua lagi software yang dibutuhkan untuk membuat PVBS jadi otomatis dan juga akan terpakai dalam tutorial-tutorial berikutnya, yaitu PLANTS 1.2 dan SPORES 1.3. Silakan ke tautan berikut untuk mengisi license agreement dan mendapatkan link untuk unduh: http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/. Setelah dapat link untuk unduh, maka dapat dilanjutkan dengan perintah-perintah kurang lebih seperti berikut di terminal WSL Ubuntu 20.04:

cd ~/programs #lihat box ke-2 dari atas, hal ini terkait menyimpan software dalam satu folder
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit SPORES_64bit

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Eh iya, salah satu prasyarat teknis suksesnya tutorial ini adalah tersedianya akses ke koneksi internet (yang cepat). Semoga bermanfaat …

### Paingan, 10 Mei 2021 | 17:46 WIB.

… karena “En’s PLIF dari PyPLIF HIPPOS dirilis!”

Dini hari ini, DosGil terbangun dan terharu mendapat kabar kalau artikel yang dirasa DosGil cukup kontroversial, karena mengusulkan suatu metode yang tidak lazim, sudah published di Molecules. Sebuah jurnal yang saat ini masuk kuartil Q1 di Scopus untuk bidang Pharmaceutical Sciences. Artikel ini menawarkan penggunaan lain dari sidik jari ikatan ligan-protein (protein-ligand interacton fingerprint/PLIF) luaran dari PyPLIF HIPPOS (yang dipublikasikan Agustus tahun lalu di JCIM, Scopus Q1 juga). Alih-alih “hanya” untuk meningkatkan kualitas prediksi dari penapisan virtual berbasis struktur (structure-based virtual screening/SBVS), pada artikel ini dilaporkan penggunaan deskriptor turunan dari PLIF sebagai input pada analisis machine learning metode regression trees yang selain meningkatkan kualitas SBVS juga mengidentifikasi asam amino yang penting dalam ikatan ligan-protein. Informasi ini akan sangat berguna pada tahapan hit to lead dan lead optimization dalam structure-based drug design, terutama yang menggunakan pendekatan fragment-based. Deskriptor ini melibatkan semua pose terpilih hasil penambatan molekul setiap molekul sebagai satu ensemble sehingga diberi nama ensemble PLIF atau disingkat ensPLIF. Atau bolehlah disebut En’s PLIF … 😀

— Below is the summary of the text in English —

This morning, one article describing the use of ensemble PLIF (ensPLIF) derived from PyPLIF HIPPOS’s PLIF was just published in Molecules. The article presents another use of PyPLIF HIPPOS (published in JCIM) in structure-based drug design (SBDD) research projects, especially in fragment-based approaches. Not only increasing the prediction quality of the structure-based virtual screening (SBVS) protocols, in combination with machine learning analysis (regression trees method) ensPLIF could also pin point molecular determinant of ligand binding to receptors. The information could significantly assist the hit-to-lead and lead optimization steps in SBDD projects.

… karena “Biarkan bot saja yang mengerjakan hal repetitif” (2)

The first rule of any technology used in a business is that automation applied to an efficient operation will magnify the efficiency. The second is that automation applied to an inefficient operation will magnify the inefficiency.

Bill Gates (https://www.brainyquote.com/topics/automation-quotes)

Jadi ini tulisan lanjutan. Sebenarnya karena bingung memberi judul sih. 😀

Hari ini DosGil mendapat kesempatan untuk memberikan kuliah tamu secara daring di Fakultas Farmasi Universitas Pancasila. Berikut link-nya https://www.youtube.com/watch?v=em_9N9lsClE

… karena “Biarkan bot saja yang mengerjakan hal repetitif”

The first rule of any technology used in a business is that automation applied to an efficient operation will magnify the efficiency. The second is that automation applied to an inefficient operation will magnify the inefficiency.

Bill Gates (https://www.brainyquote.com/topics/automation-quotes)

Jadi DosGil lagi mencoba implementasi induced-fit theory dalam penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) menggunakan AutoDock VINA dan PyPLIF HIPPOS. Konsekuensinya adalah banyaknya target virtual yang harus dipreparasi. Selama ini, preparasi target virtual dan perumusan file konfigurasi dikerjakan manual karena biasanya hanya sekali dalam satu proyek riset. Karena pekerjaannya repetitif dan manusia adalah tempatnya salah, apalagi saat lelah, maka sore yang syahdu ini script untuk membuat file konfigurasi dibuatlah. Lha koq sekalian di-bablas-kan untuk melakukan penambatan ulang, meskipun sekali saja.

#!/bin/sh
SPORES=[path where SPORES is located]/SPORES_64bit
PLANTS=[path where PLANTS is located]/PLANTS1.2_64bit
targetdir=~pwd~
ligname=[ligand name resulted from SPORES --mode splitpdb, without the extension]
radius=5
#Preparing vina.config
$SPORES --mode splitpdb $1
$PLANTS --mode bind $ligname.mol2 $radius protein.mol2

x=~grep center bindingsite.def | awk '{print $2}'~
y=~grep center bindingsite.def | awk '{print $3}'~
z=~grep center bindingsite.def | awk '{print $4}'~
diameter=~grep radius bindingsite.def | awk '{print 2*$2}'~

echo "receptor = $targetdir/protein.pdbqt" > vina.config
echo "ligand = ligand.pdbqt" >> vina.config
echo "num_modes = 10" >> vina.config
echo "energy_range = 5" >> vina.config
echo "cpu = 4" >> vina.config
echo "log = out.log" >> vina.config
echo "center_x = $x" >> vina.config
echo "center_y = $y" >> vina.config
echo "center_z = $z" >> vina.config
echo "size_x = $diameter" >> vina.config
echo "size_y = $diameter" >> vina.config
echo "size_z = $diameter" >> vina.config
#Re-docking using VINA
ADFRbin=[path where ADFRSuite is located]/ADFRsuite_x86_64Linux_1.0/bin
vina=[path where AutoDock Vina is located]/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina
$ADFRbin/prepare_receptor -r protein.mol2
cp $ligname.mol2 ligand.mol2
$ADFRbin/prepare_ligand -l ligand.mol2
$vina --config vina.config
#usage: ./namafileini.sh [kompleks-protein-ligan.pdb]

Oh ya … script di atas sudah berhasil diujicobakan di CentOS 7 terinstal PLANTS, SPORES, AutoDock Vina dan ADFR Suite. Dan … sebelum di-run, itu “~” diganti dulu dengan “`” .

… karena “Sepertinya DosGil harus mengevaluasi cara mengajarnya.”

What is the way of the bow? Can you teach me?

(The way of the bow; Paulo Coelho)

Pertanyaannya tersebut dijawab oleh Sang Master seperti berikut, “Teaching it isn’t hard. I could do that in less than an hour. The difficult thing is to practice it every day, until you achieve the necessary precision.”

Potongan diskusi dari buku Paulo Coelho yang versi Bahasa Inggris-nya akan di-launch pertengahan November 2020 tersebut cukup mak jleb menghujam pikiran DosGil. Membuat benak DosGil kembali memutar proses awal-awal belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Dan membandingkannya dengan latihan memanah yang sempat membawa DosGil masuk 10 besar dalam Open Archery Championship 2017.

Iya … sepertinya mirip belajar panahan dan belajar kimia komputasi untuk penemuan obat. Diawali dengan melihat (dan bergumam “koq asyik dan nampak mudah”) lalu dikenalkan dengan alat-alat dan kegunaan masing-masing (dan hanya manggut-manggut dan komentar “iya-iya” supaya segera diperbolehkan mencoba). Dan ketika tiba saatnya benar-benar mencoba pertama kali … whoaaaa koq ambyaarrr …. Dalam panahan jangankan kena lingkaran, kena sasaran yang lebarnya 1 m x 1 m saja tidak (padahal hanya jarak 10m), belum lagi lengan kiri yang nyeri terkena jepretan bowstring. Dalam kimia komputasi … jangankan running simulasi, menginstal software-nya saja masih gagal terus. Begitu bisa instal software-nya, koq ternyata banyak yang harus diulik menggunakan command line interface. Oh tidaaaaak …

Sepertinya saat melihat senior, apalagi pakarnya, menggunakan perangkat masing-masing, baik panahan maupun kimia komputasi, terasa begitu ringan dan mudah. Hal ini membuat kerumuman yang awalnya semangat belajar jadi memudar berkurang dan tersisa beberapa gelintir saja. Dan, anehnya, DosGil menjadi bagian dari yang tersisa. Mungkin karena DosGil merasa bahwa meski tidak mudah, hal ini suatu hal yang dipelajari, namun perlu ketekunan dan kedisiplinan untuk berlatih tiap hari guna mencapai level presisi tertentu, yang diharapkan. Bahkan sampai level intuisi jika memungkinkan. Gutta cavat lapidem non vi sed saepe cadendo. Tetesan air melubangi batu, bukan karena kekuatannya tapi karena tetesannya yang terus menerus.

Menjadi complicated ketika DosGil memegang peran untuk mengajar. Mengajar sepertinya mudah, memberi contoh juga mudah. Dan mungkin nampak mudah bagi yang melihat. Namun membangunkan inner motivation atau niat ingsun untuk “practice it every day, until you achieve the necessary precision” yang tidak gampang. Dari seratusan lebih murid Guru Drona, hanya Arjuna yang dikenal sebagai satria pemanah yang hebat. Selain itu ada murid yang tidak diterima dan diakui oleh Guru Drona namun tekun berlatih dengan imajinasi dilatih oleh Guru Drona, yaitu Bambang Ekalaya. Satria yang sanggup mengalahkan Arjuna.

Sepertinya DosGil harus belajar cara mengajar dari Guru Drona.

The difficult thing is to encourage students to practice it every day, until they achieve the necessary precision.

*GT C13 | 30 Oktober 2020 21:21 WIB

… karena “Secangkir kopi dan DosGil tidak inkompatibel.”

“We want to do a lot of stuff; we’re not in great shape. We didn’t get a good night’s sleep. We’re a little depressed. Coffee solves all these problems in one delightful little cup.” Jerry Seinfeld

Setiap tulisan di blog sebelumnya (dosengila.wordress.com) selalu diawali dengan kata “Secangkir” dan kata berikutnya yang sering mengikuti adalah “kopi”. DosGil bukan penggemar fanatik kopi. DosGil lebih suka es krim. Sokelat. Namun, saat ini kopi bagi DosGil menjadi sebuah kebutuhan. Secangkir seduhan kopi robusta hampir selalu menemani pagi hari DosGil. Biasanya dinikmati setelah #larithimikthimik ataupun #indoorcycling. Mendekati jam makan siang, kali ini arabika (dan favorit DosGil adalah yang dari Wamena) diseduh untuk mempertahankan melawan rasa kantuk yang sering mulai muncul. Apalagi setelah makan siang. Kopi-kopi itu dinikmati tanpa gula tentunya.

Pola konsumsi kopi ini sudah berkurang banyak dibandingkan saat studi S3 di Belanda dulu. Dulu bisa 5 kali dalam sehari, DosGil menikmati kopi hitam americano tanpa gula. Yaitu, pagi hari sesampainya di lab, coffee break pagi, lunch, coffee break sore dan saat mau pulang. Saat itu, tidak hanya DosGil yang memiliki pola konsumsi kopi seperti ini di lab. Dan, saat ini, katanya sudah masuk era third wave coffee. DosGil mencoba berhitung ampas kopi yang dihasilkan dan kemudian dibuang sia-sia. Memang, banyak penggunaan ulang dari used atau spent coffee grounds ini. Klik di sini untuk melihat beberapa contohnya. Namun yang terbuang percuma pasti jauh lebih banyak.

Saat diwawancara oleh mBak Kumara pada tanggal 2 September 2020 kemarin (Klik di sini untuk melihat wawancaranya), DosGil sempat tercetus kalau fokus riset kali ini salah satunya adalah penemuan obat untuk diabetes. Dan ampas kopi lagi jadi incaran DosGil untuk mendapat senyawa bahan alam yang potensial untuk dikembangkan. Mengapa? Available evidence indicates that coffee consumption is inversely associated with risk of T2D. Jurnal tersebut juga mengidentifikasi kemungkinan mekanisme “inversely associated” ini. Nah, jika seduhan dengan air panas yang hanya sebentar entah itu perkolasi (misal dengan teknik vietnam drip atau coffee presso) atau maserasi (misal dengan di-tubruk, french press, maupun syphon) sudah menghasilkan sajian favorit masing-masing orang dan sudah menimbulkan efek baik untuk kesehatan dalam hal ini inversely associated dengan diabetes tipe 2, maka ampas kopi hampir pasti menyimpan “harta karun” yang bisa dieksplorasi dan dimanfaatkan lebih lanjut. Teknik-teknik ekstraksi yang lazim dan jamak di dunia farmasi bisa digunakan untuk eksplorasi hal ini. Teknik tersebut bisa digunakan untuk memisahkan fraksi atau bahkan senyawa yang dibutuhkan untuk terapi atau pencegahan diabetes dari ampas kopi. Namun sepertinya ini bertentangan dengan Matius 19:6b “Karena itu, apa yang telah dipersatukan Allah, tidak boleh diceraikan manusia.” 😀

*GT C13 | 5 September 2020 12:31 WIB

… karena “Tetiba teringat Agnes Monica.”

Iya. Kemarin DosGil tiba-tiba teringat Agnes Monica. Kangen kali ya … Ini postingan tentang “hubungan” kami … https://dosgil.wordpress.com/2013/01/25/karena-agnes-monica-agnezmo/

… karena “Arti embuh yang baku ternyata bukan tidak tahu”

Ignorance is bliss” (Thomas Gray, 1768)

Tadi malam, sebelum tidur, DosGil entah karena apa tiba-tiba melakukan pencarian di situs Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI) versi daring. Mungkin karena sudah menua, DosGil lupa mau mencari kata apa. Spontan diketiklah kata “embuh” yang dalam Bahasa Jawa kurang lebih artinya “tidak tahu“. Ternyata oh ternyata, kata itu ada dalam KBBI, namun artinya berbeda dengan arti “embuh” dalam Bahasa Jawa. Dalam KBBI, embuh berarti “mau” atau “ingin”. Silakan cek dengan klik di sini.

Embuh merdeka? Merdeka!

* GT C13 – 15 Agustus 2020