Lanjut ke konten

… karena “En’s PLIF dari PyPLIF HIPPOS dirilis!”

April 23, 2021

Dini hari ini, DosGil terbangun dan terharu mendapat kabar kalau artikel yang dirasa DosGil cukup kontroversial, karena mengusulkan suatu metode yang tidak lazim, sudah published di Molecules. Sebuah jurnal yang saat ini masuk kuartil Q1 di Scopus untuk bidang Pharmaceutical Sciences. Artikel ini menawarkan penggunaan lain dari sidik jari ikatan ligan-protein (protein-ligand interacton fingerprint/PLIF) luaran dari PyPLIF HIPPOS (yang dipublikasikan Agustus tahun lalu di JCIM, Scopus Q1 juga). Alih-alih “hanya” untuk meningkatkan kualitas prediksi dari penapisan virtual berbasis struktur (structure-based virtual screening/SBVS), pada artikel ini dilaporkan penggunaan deskriptor turunan dari PLIF sebagai input pada analisis machine learning metode regression trees yang selain meningkatkan kualitas SBVS juga mengidentifikasi asam amino yang penting dalam ikatan ligan-protein. Informasi ini akan sangat berguna pada tahapan hit to lead dan lead optimization dalam structure-based drug design, terutama yang menggunakan pendekatan fragment-based. Deskriptor ini melibatkan semua pose terpilih hasil penambatan molekul setiap molekul sebagai satu ensemble sehingga diberi nama ensemble PLIF atau disingkat ensPLIF. Atau bolehlah disebut En’s PLIF … 😀

— Below is the summary of the text in English —

This morning, one article describing the use of ensemble PLIF (ensPLIF) derived from PyPLIF HIPPOS’s PLIF was just published in Molecules. The article presents another use of PyPLIF HIPPOS (published in JCIM) in structure-based drug design (SBDD) research projects, especially in fragment-based approaches. Not only increasing the prediction quality of the structure-based virtual screening (SBVS) protocols, in combination with machine learning analysis (regression trees method) ensPLIF could also pin point molecular determinant of ligand binding to receptors. The information could significantly assist the hit-to-lead and lead optimization steps in SBDD projects.

From → Karena ...

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout /  Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout /  Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout /  Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: