Lanjut ke konten

… karena “Sepertinya perlu tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS dirilis juga …”

Mei 10, 2021

Panta rhei kai uden menei …

Herakleitos

Jadi sepertinya kita batal ke pantai, soalnya itu hujan lagi … *krik-krik-krik

Perubahan itu pasti dan perubahan yang berdampak pada sukses atau gagalnya mengoperasikan PyPLIF HIPPOS adalah perubahan dari python ke python3 dalam sistem operasi yang cukup populer digunakan di kalangan kimia medisinal Indonesia, yaitu Ubuntu. Versi long-term services (LTS) terbaru yaitu Ubuntu 20.04 sudah melakukan transisi ini. Hal ini berakibat pada gagalnya instalasi PyPLIF HIPPOS, yang tidak pakai versi conda, jika mengikuti tutorial resmi di sini. Jika instalasi saja gagal. maka riset-riset seperti yang dipublikasikan di jurnal-jurnal Q1 ini juga tidak mungkin dilaksanakan. Oleh karena itu, DosGil memutuskan untuk merilis tutorial instalasi PyPLIF HIPPOS di Ubuntu 20.04 ini.

Instalasi ini diawali dengan instalasi Ubuntu 20.04 LTS di laptop dengan OS Windows 10 milik DosGil, dengan memanfaatkan WSL versi 1. Mengapa tidak WSL versi 2? Karena DosGil berencana menggunakan file-file-nya secara interchangeable baik di Ubuntu maupun di Windows. Alasan utamanya adalah menghemat ruang di diska penyimpanan. Bagi yang sudah punya laptop atau PC dengan OS Windows 10 tapi belum instal WSL versi 1 pun Ubuntu 20.04 LTS dapat memilih salah satu tutorial di sini, yang salah satunya menuju ke YouTube ini.

Nah, setelah Ubuntu 20.04 ini di-launch berikut perintah-perintah yang harus diketikkan (atau dikopi-paste-kan dari dari postingan ini) untuk melakukan instalasi PyPLIF HIPPOS dan beberapa software terkait untuk bisa melakukan penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) secara otomatis:

sudo apt-get update
sudo apt-get install python-is-python3
sudo apt-get install autodock-vina
sudo apt-get install openbabel
sudo apt-get install python3-openbabel
sudo apt-get install python3-bitarray
sudo apt-get install python3-numpy
sudo apt-get install zip

Di tiap baris perintah di atas ada beberapa pertanyaan interaktif yang harus direspon seperti “yes” atau klik tombil [Enter] … diikuti saja sampai selesai. Oh ya, AutoDock Vina dan juga Open Babel sudah terinstal sesuai dengan baris ke-3 dan ke-4 perintah di atas. Lalu karena DosGil lebih suka menyimpan software dalam folder atau directory tersendiri, maka berikut adalah perintah-perintah selanjutnya:

mkdir programs
cd programs
wget https://github.com/radifar/PyPLIF-HIPPOS/archive/refs/tags/0.1.2.zip
unzip 0.1.2.zip
rm 0.1.2.zip
cd PyPLIF-HIPPOS-0.1.2/
./setup.sh

Akan muncul pertanyaan berikut:

HIPPOS will be installed in /home/enade/.hippos, do you want to install it in another directory?
> [y]es/[n]o, default: n

Jawab saja dengan “n”. Maka akan muncul tampilan sebagai berikut:

> n
HIPPOS successfully installed

Hyoi … sampai di sini kisah kita, jangan tangisi keadaannya. Bukan karena kita berbeda … *you-sing-you-lose PyPLIF HIPPOS sudah terinstal. Kalau mau dicoba, Ubuntu bisa di-restart dulu.

Eh iya, ada dua lagi software yang dibutuhkan untuk membuat PVBS jadi otomatis dan juga akan terpakai dalam tutorial-tutorial berikutnya, yaitu PLANTS 1.2 dan SPORES 1.3. Silakan ke tautan berikut untuk mengisi license agreement dan mendapatkan link untuk unduh: http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/. Setelah dapat link untuk unduh, maka dapat dilanjutkan dengan perintah-perintah kurang lebih seperti berikut di terminal WSL Ubuntu 20.04:

cd ~/programs #lihat box ke-2 dari atas, hal ini terkait menyimpan software dalam satu folder
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit SPORES_64bit

Cukup sudah … untuk tutorial kali ini. Eh iya, salah satu prasyarat teknis suksesnya tutorial ini adalah tersedianya akses ke koneksi internet (yang cepat). Semoga bermanfaat …

### Paingan, 10 Mei 2021 | 17:46 WIB.

From → Karena ...

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout /  Ubah )

Foto Google

You are commenting using your Google account. Logout /  Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout /  Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout /  Ubah )

Connecting to %s

%d blogger menyukai ini: