“Menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”
Meskipun di judul tulisan ini ada angka 2-nya, namun ini bukan sekuel maupun lanjutan cerita dengan judul yang sama tanpa angka yang ditulis 5 tahun silam. Bukan waktu yang singkat untuk meninggalkan sebuah blog tidak ter-update. Tagline blog ini juga berganti dari “… so what?” menjadi “menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa”. Semoga dengan posting-an dan penggantian tagline blog ini menandai kembalinya jemari DosGil menari untuk menuliskan rasa dan menarasikan peristiwa. Stay tune!
Bagi yang pertama kali terdampar di blog ini, perlu diketahui bahwa blog ini adalah sekuel ke-3 dari Blog DosenGila a.k.a. DosGil. Seri blog yang diawali dari http://dosengila.blogspot.com/ dilanjutkan ke https://dosengila.wordpress.com/ sebagai sekuel ke-2. Pemilihan nickname DosenGila alias DosGil diterangkan di sini.
Adapun momentum yang membuat DosGil bersemangat mengaktifkan kembali blog ini adalah telah resminya DosGil diangkat sebagai Profesor di bidang Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal pada tanggal 22 Juli 2020 (dengan TMT 1 Maret 2020). Berita resmi dari universitas dapat diakses di sini, dan dari fakultas dapat diakses di sini. Berita-berita terkait di koran lokal dapat diakses di sini, di sini, dan di sini.
### GT-C13, 28 Juli 2020
G C G
Tiap langkahku diatur oleh Tuhan
D G
dan tangan kasihNya memimpinku.
G C G
Di tengah badai dunia menakutkan,
Am A D
hatiku tetap tenang teduh.
Reff:
G C G
Tiap langkahku ‘ku tahu Tuhan yang pimpin
C D G
ke tempat tinggi ‘ku dihantarNya,
C G
hingga sekali nanti aku tiba
D G
di rumah Bapa sorga yang baka.
## Pogung, Yogya, 27 April 2024 | 20.21 WIB
C F C
Kala kula dhawah lan tanpa daya,
Em F G
nyawa kula kapetek, kasiksa
Am F C F
Kula tansah nyuwun tulung mring Gusti
C G C
karsa rawuh, mrih amitulungi
Reff:
Am F C G
Kula tansah kaangkat maring arga
Am F C G
kula kwawi anempuh prahara
C F C Am F
wah kiyat, wit sinanggi swiwinya
C G C
anglangkungi budidaya kula
## Pogung, Yogya, 17 April 2024 | 20.09 WIB
…
Jadi ini memasuki minggu ke-4 DosGil berada di kota terbesar ke-2 di Republik Ceko (… dan DosGil yakin saat membaca Ceko pasti banyak pembaca yang dalam pikirannya meneruskan dengan Slowakia). Minggu pertama dilalui DosGil dengan setlling in dan eksplorasi lokasi seputaran tempat tinggal dan kampus tempat bekerja. Minggu ke-2 dan ke-3 masih penyelarasan akal, rasa dan kehendak dengan perbedaan jam dan iklim yang cukup drastis. Beberapa cerita sudah dituliskan di IG-nya DosGil dan juga di FB-nya DosGil. Mengingat tanggal 27 Oktober adalah Hari Blogger Nasional, peristiwa memasuki minggu ke-4 ini dituliskan di blog saja. 😀
Masih ingat tulisan DosGil yang ini? Yak betul, di tulisan tersebut DosGil sempat menyinggung rencana ke Ceko di musim gugur tahun ini. Puji Tuhan, rencana tersebut berjalan cukup lancar dengan beberapa drama, antara lain terkait mendapatkan slot jadwal wawancara visa. Saat ini DosGil merasa sudah cukup nyaman di Brno, dengan di apartemen yang disediakan pihak pengundang dan sudah mendapatkan akses ke bahan-bahan pokok masakan Asia, meliputi beras, kerupuk, bakso, kecap, dan tentu saja mie instant Ind*mie. Di kamar apartemen sebenarnya disediakan kompor listrik dan microwave, namun DosGil sudah siap dengan kompor portable yang bisa dipakai menanak nasi bahkan untuk membuat fuyunghai. Juga, tidak kalah penting adalah alat water heater dari Xiao Mi yang berbentuk tabung.
Pada hari ke-2 di Brno, DosGil mendapat kabar kalau Romo Josef membalas email dan memberi tahu kalau di Gereja Yesuit di Brno Kostel Nanebevzetí Panny Marie ada misa dengan Bahasa Inggris tiap Minggu jam 12.15 waktu setempat. Beliau juga mengabari kalau mau ketemu, baiknya setelah misa itu. Misa tersebut hampir selalu dipimpin oleh Romo Josef. Oleh karena itu, pada akhir pekan pertama memasuki minggu ke-2, DosGil menghadiri misa dan menemui Romo Josef. Perbincangan seru beralih ke pasturan yang berjarak sepelemparan batu dari gereja, sambil makan siang. Kali ini menunya steak yang dimasak Romo Yosef dengan cara cepat praktis yang tidak pernah DosGil bayangkan sebelumnya, yaitu dimasak menggunakan toaster. Tapi jangan ditanya rasanya, maknyusssss gaes. Saat itu DosGil berjanji minggu depan akan datang lagi dan masak masakan khas Yogyakarta. Janji itu DosGil tepati dengan masak mie goreng Jawa di akhir pekan memasuki pekan ke-3.
Kali ini, memasuki pekan ke-4 dari 10 pekan yang direncanakan, DosGil berencana selesai misa untuk ekpslorasi area sekitar gereja. Foto-fotonya disampaikan mengawali tulisan ini. Ada foto saat misa yang penuh, dan DosGil selfie saat sayap kiri sudah kosong. Iya, kali ini dosen kebagian duduk di sayap kiri, dengan pandangan ke arah mimbar terhalang tiang. Dan ada foto-foto selfie saat DosGil jalan kaki eksplorasi sekitar gereja. Kota yang unik. Vibe-nya mirip-mirip Yogyakarta. Kota pelajar dan juga kota wisata. Jamak dijumpai turis internasional maupun mahasiswa asing di seputaran gereja yang juga terletak di pusat kota ini. Kombinasi bangunan tua dan modern semakin membuat kota ini serasa Yogyakarta. Mungkin tinggal menunggu ketemu semacam angkringan, maka kota ini bisa lengkap terbuat dari rindu, pulang dan angkringan.
Sayang, tadi tiba-tiba lapar dan restoran yang direncanakan untuk disinggahi tutup ternyata tutup di hari Minggu ini. Eksplorasi dihentikan, pulang ke apartemen. Minggu depan rencana eksplorasi di hari Sabtu saja supaya bisa lebih lama dan lebih jauh.
## Vinařská, Brno, 29 Oktober 2023 | 16.20 CET.
DosGil sedang melakukan riset untuk Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) untuk target tertentu. Pekerjaan rutin tahunan 😁😁😁
Satu tahapan yang dilakukan adalah konversi format struktur 3D senyawa dari pdb ke pdbqt. Nah, karena sesuatu dan lain hal acap kali ada galat di proses sehingga ada beberapa senyawa yang tidak terkonversi. Hal ini selalu terjadi dan DosGil selalu lupa caranya dan mencoba mengingat bagaimana caranya … “haruskah kuteteskan air mata di pipi … haruskah kucurahkan segala isi di hati …” *lha malah nyanyi.
Jadi DosGil memutuskan menuliskan di sini caranya supaya suatu hari nanti jika membutuhkan tinggal menengok tulisan ini. Dan, kalau ada pembaca yang membutuhkan dapat memanfaatkannya.
DosGil membuat string daftar senyawa dalam format pdb dengan nama pdb.lst dan daftar senyawa dalam format pdbqt dengan nama pdbqt.lst dalam satu direktori.
cat pdbqt.lst pdb.lst | sort -r | uniq --count | awk '{ if ($1 == 1) print $2}'
Luaran dari perintah adalah daftar senyawa yang hanya sendiri. Artinya ada di pdb.lst namun tidak ada di pdbqt.lst. Siap untuk dianalisis alasan kesendirian mereka.
## Eastparc Hotel, 22 Juni 2023 | 11:25 WIB.
…
Katanya, “Buku adalah jendela dunia, …” Namun entah kata siapa. Mohon DosGil diberitahu kalau ada yang tahu itu quote dari siapa. Kenyataannya adalah, buku hijau bertuliskan PASPOR dan gambar Garuda Pancasila di sampul depan yang diterbitkan Juni 2005 merupakan dokumen penting saya untuk menjelajah dunia. Diawali dengan Belanda dan kini Asia Tenggara dan Eropa. Kisah-kisah di https://dosengila.blogspot.com/ dan http://dosengila.wordpress.com/ diawali dari terbitnya buku bersampul hijau itu.
Nah, kali ini DosGil akan bercerita tentang perpanjangan paspor baru-baru ini. Jadi, DosGil berencana ke Brno, Ceko musim gugur tahun ini. Tapi paspor DosGil habis berlaku November tahun ini, harus diperbaharui untuk apply visa dan lain-lain. Dimulailah searching di internet dan tanya-tanya kanan-kiri. Oh ya, DosGil sekarang berdomisili di desa Pogung Kidul, yang kisah legendanya bisa dibaca di sini. Jarak dengan almamater DosGil sekitar 15 menit jalan kaki. Tentu saja info yang DosGil temukan di sini sangat-sangatlah menarik untuk dicoba.
Dimulailah dengan mengisi form online, sesuai langkah pertama pada tanggal 17 Mei 2023. Lalu screenshot telah mengisi dikirim ke WA Mas Risa di nomor yang tertera di langkah ke-2. Yang di hari berikutnya dijawab telah dijadwalkan tanggal 5 Juni 2023 dan diminta konfirmasi apakah bisa di tanggal tersebut. DosGil langsung konfirmasi dan mulai mengumpulkan dokumen-dokumen yang dipersyaratkan. Salah satu dokumen penting adalah ijazah UGM sebagai bukti bahwa DosGil adalah alumni UGM, karena kartu KAGAMA DosGil sudah tidak bisa dibaca.
Pada tanggal 5 Juni 2023, DosGil datang ke OIA UGM, mengisi formulir yang disediakan dengan didampingi petugas karena DosGil satu-satunya pemohon saat itu. Pemohon sebelumnya sudah usai, dan belum ada pemohon yang datang lagi. Lalu tidak lama setelah menyerahkan formulir dan dokumen kelengkapan, DosGil dipanggil untuk foto. Lalu diberi dokumen untuk pengambilan paspor yang diperkirakan akan selesai 3 hari kerja setelah pembayaran. Di ruang tunggu sudah disediakan panduan pembayaran non tunai, karena tidak menerima transaksi tunai. DosGil memilih menggunakan BRImo sesuai saran pemohon sebelumnya. Usai, DosGil pun berpamitan. Nah, tidak jauh dari OIA UGM ini ada kantor KAGAMA. DosGil yang membawa ijazah asli sekalian mampir untuk mengurus pembuatan kartu anggota baru.
Kamis pagi, 8 Juni 2023, DosGil sudah mendapat WA bahwa paspor sudah jadi dan bisa diambil di OIA UGM. Segeralah DosGil meluncur dan tidak lama kemudian, paspor sudah di tangan DosGil. Paspor ini berlaku 10 tahun. Jadi saat pengurusan perpanjangan nanti, sangat bisa jadi prosesnya akan berubah. Semoga jadi lebih mudah.
Oh iya, selain alumni, keluarga inti alumni bisa lho memanfaatkan fasilitas ini. Dan definisi (sementara) keluarga inti adalah yang namanya tercantum di kartu keluarga (KK) yang sama.
Oh iya lagi, tadi siang dapat WA kalau kartu KAGAMA DosGil yang baru sudah jadi dan bisa diambil. Huuraayyy …
## PoKid-7, 12 Juni 2023 | 21:30 WIB.
“You’re only here for a short visit. Don’t hurry, don’t worry. And be sure to smell the flowers along the way.”
Walter Hagen
…
Siang tadi DosGil mendapat berita duka.
Seorang sahabat sudah mendahului menghadap Sang Pencipta.
Rekan saat menjadi asisten praktikum di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma yang saat itu belum lama berdiri. Sekitar 25 tahun silam.
Dipertemukan lagi di agenda-agenda Perhimpunan Kimia Medisinal Indonesia dan kemudian menjadi kolega dan kolaborator riset di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma 2015-2021.
Beliau termasuk salah satu dosen yang membidani lahirnya Program Studi S2 Farmasi di Universitas Sanata Dharma.
Selamat jalan Pak Maywan! Beristirahatlah dalam damai.
Kemurahan hatimu akan selalu terkenang dan karya-karyamu akan abadi …
## PoKid-7, 11 Februari 2023 | 20:42 WIB.
DosGil melanjutkan mencoba PyPLIF HIPPOS pada luaran Vina di bagian 2. Diawali dengan instalasi PyPLIF HIPPOS pada environment vina:
cd ~
conda activate vina
conda install -c conda-forge pyplif-hippos
cd vina-1.2.3_1e66
Dilanjutkan dengan pembuatan berkas konfigurasi untuk PyPLIF HIPPOS hippos.config di direktori kerja ~/vina-1.2.3_1e66, dengan isi berkas seperti berikut:
docking_method vina
docking_conf vina.config
output_mode full full_nobb
full_outfile plif_full.txt
full_nobb_outfile plif_nobb.txt
logfile hippos.log
Berkas tersebut masih kurang dua variabel yang mendefinisikan nama dan nomor residu yang akan diidentifikasi interaksinya dengan ligan. Dengan memanfaatkan berkas PLANTSactiveSiteResidues.mol2 luaran dari PLANTS di bagian 2, DosGil tambahkan variabel-variabel tersebut dengan baris perintah berikut:
echo "residue_number `grep CA PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $7}' | paste -s -d" "`" >> hippos.config
echo "residue_name `grep CA PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $8}' | paste -s -d" "`" >> hippos.config
PyPLIF HIPPOS sudah siap dijalankan!
hippos hippos.config
Luaran esensial dari hippos ini adalah berkas plif_full.txt dan plif_nobb.txt. Jika dibuka dengan perintah more plif_*.txt maka hasilnya adalah:
::::::::::::::
plif_full.txt
::::::::::::::
ligand_1 -10.577 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000110000000000000000000000000000000000000000100000010000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000010000000000000101000010000001000000101000010000001010000000000000000000000000
::::::::::::::
plif_nobb.txt
::::::::::::::
ligand_1 -10.577 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000110000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000100000000000000000000000000000000000000000110000010000000000000000000010000000000000101000010000001000000101000000000001010000000000000000000000000
Hurrayyy … sudah bisa jalan semuanya!!! Eh tapi, kenapa hanya satu pose ya … ? Ah sudahlah itu dioptimasi kali lain. Setidaknya sudah bisa jalan dan berfungsi baik.
## PoKid-7, 2 Januari 2023 | 14:51 WIB.
DosGil melanjutkan mencoba Vina dengan mengadopsi tutorial yang diberikan di sini. Setelah DosGil mempelajarinya, jelas bahwa SPORES dan PLANTS dari situs ini dibutuhkan jika DosGil bermaksud melakukan preparasi reseptor (dan konfigurasi untuk Vina maupun PyPLIF HIPPOS) secara otomatis dan sepenuhnya menggunakan antarmuka baris perintah (APB). Sampai saat ini ditulis DosGil belum menemukan teknik maupun perangkat lain yang bisa menggantikan kombinasi SPORES dan PLANTS dalam hal ini. Hal lain yang belum DosGil temukan adalah dimana letak Vina setelah instalasi melalui miniconda di postingan bagian 1. Baiklah kita unduh saja versi default-nya Ubuntu 22.04 dan kemudian ditindih dengan Vina versi 1.2.3.
conda deactivate
cd ~
mkdir programs
cd programs
sudo apt-get install autodock-vina
vina
Menariknya setelah Vina dicoba dijalankan dengan perintah di atas, hasilnya adalah:
AutoDock Vina v1.2.3
...
Bawaan Ubuntu 22.04 LTS sudah versi 1.2.3! Baiklah kita lanjutkan dengan instalasi SPORES dan PLANTS:
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2_64bit
chmod u+x PLANTS1.2_64bit
wget http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64bit
chmod u+x SPORES_64bit
Software yang dibutuhkan untuk melakukan satu putaran penambatan molekul pada antarmuka baris perintah sudah siap. DosGil kemudian mencoba untuk penambatan ulang ligan kokristal Huprine X (HUX) pada asetilkolinesterase di PDB:1E66.
cd ~
mkdir vina-1.2.3_1e66
cd vina-1.2.3_1e66/
wget https://files.rcsb.org/download/1E66.pdb
~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb 1E66.pdb
conda activate vina
python2 ~/miniconda3/envs/vina/CCSBpckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r protein.mol2 -o protein.pdbqt #preparasi receptor dengan luaran protein.pdbqt
python2 ~/miniconda3/envs/vina/CCSBpckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt #preparasi ligan dengan luaran ligand.pdbqt
cp ligand_HUX803_0.mol2 ligand.mol2
~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode bind ligand.mol2 5 protein.mol2
cat bindingsite.def
Perintah terakhir di atas membaca luaran bindingsite.def hasil perintah di atasnya. Adapun isinya adalah sebagai berikut yang berguna untuk penyusunan konfigurasi penambatan molekul dengan Vina:
bindingsite_center 4.39738 68.6326 65.5042
bindingsite_radius 10.9525
Berikut isi berkas konfigurasi sederhana vina.config untuk menjalankan Vina memanfaatkan itu di atas dengan mencoba scoring function baru vinardo:
receptor = protein.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt
scoring = vinardo
center_x = 4.39738
center_y = 68.6326
center_z = 65.5042
size_x = 21.905 # 2 x 10.9525
size_y = 21.905 # 2 x 10.9525
size_z = 21.905 # 2 x 10.9525
Simulasi penambatan molekul dengan Vina siap dijalankan. Dan karena Vina versi ini tidak ada fitur log maka perlu diberi “> ligand_out.log” seperti berikut:
vina --config vina.config > ligand_out.log
Voila! Simulasi penambatan molekul berjalan dengan baik dengan isi ligand_out.log sebagai berikut:
AutoDock Vina v1.2.3
...
Output will be ligand_out.pdbqt
Scoring function : vinardo
Rigid receptor: protein.pdbqt
Ligand: ligand.pdbqt
Grid center: X 4.39738 Y 68.6326 Z 65.5042
Grid size : X 21.905 Y 21.905 Z 21.905
Grid space : 0.375
Exhaustiveness: 8
CPU: 0
Verbosity: 1
Computing Vinardo grid ... done.
Performing docking (random seed: 731491570) ...
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
|----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
***************************************************
mode | affinity | dist from best mode
| (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
1 -10.58 0 0
2 -5.617 3.497 5.55
3 -5.185 9.843 11.77
4 -5.011 3.486 5.159
5 -4.968 3.782 5.637
6 -4.902 9.991 12.01
7 -4.653 8.89 10.77
8 -4.615 10.74 12.97
9 -4.441 8.699 10.2
Dan hari pertama di tahun 2023 ini sudah hampir berakhir. DosGil akan lanjutkan esok hari.
## PoKid-7, 1 Januari 2023 | 22:25 WIB.
“Most of the group use a Dell XPS 15 with WSL. Prototyping and student projects being done on servers (both cpu and gpu) , heavy lifting on the university cluster.”
Computational Drug Discovety Leiden (CDDLeiden)
Saat scrolling cuitan-cuitan di Twitter pagi ini, DosGil menemukan pernyataan yang menjadi quote di atas. Hal ini mengusik DosGil untuk bermain-main lagi dengan Windows Subsystem for Linux (WSL) sekaligus mempersiapkan peralatan-peralatan riset di tahun 2023 ini. AutoDock Vina 1.2.3 (untuk selanjutnya kita sebut Vina) dan PyPLIF HIPPOS menjadi perkakas-perkakas lunak untuk tes Ubuntu 22.04 yang dijalankan di WSL versi 2 (WSL2).
DosGil mengawali dengan membuka PowerShell dan mengetikkan perintah berikut:
wsl --update
wsl --shutdown
Kemudian menggunakan Microsoft Store, DosGil menginstal aplikasi Ubuntu 22.04. Tutorial untuk ini sudah banyak di internet, silakan diikuti saja. Kalau ragu silakan minta bantuan rekan atau kenalan terdekat yang paham tentang WSL ini. Setelah berhasil menginstal Ubuntu 22.04, DosGil membuka terminal Ubuntu ini dan melakukan instalasi Nautilus dan Google Chrome mengikuti tutorial di sini. Dua aplikasi GUI linux tersebut berfungsi dengan baik.
Berikutnya adalah menginstal Vina menggunakan miniconda mengikuti tutorial di sini. Kemudian dilanjutkan dengan mulai instalasi Vina dan software pendukungnya melalui miniconda mengikuti tutorial di sini. Diawali dengan instalasi Vina:
conda create -n vina python=3
conda activate vina
conda config --env --add channels conda-forge
conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme
pip install vina
Di tahap ini muncul galat yang memerlukan untuk instalasi gcc dan g++ dengan perintah:
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
Dan diulangi lagi dengan instalasi Vina dan dilanjutkan dengan instalasi ADFR software suite, OpenBabel dan Meeko:
pip install vina
conda install -c hcc adfr-suite
conda deactivate
sudo apt-get install openbabel
conda activate vina
conda install python=3.9.7
conda install -c conda-forge numpy openbabel scipy rdkit
pip install meeko
conda update -n base -c defaults conda
Sudah selesai untuk saat ini. Perintah baris terakhir menanggapi warning untuk update conda. Selanjutnya DosGil akan bercerita tentang usaha mengadopsi tutorial yang diberikan di sini.
## PoKid-7, 1 Januari 2023 | 17:00 WIB.
“AutoDock Vina is arguably one of the fastest and most widely used open-source programs for molecular docking.”
Eberhardt et al., 2021
Saat PyPLIF HIPPOS dirilis , Python 2.x belum obsolete dan AutoDock Vina 1.2.x belum dirilis. Saat ini, AutoDock Vina 1.2.3 sudah mulai menggeser AutoDock Vina 1.1.2 yang digunakan saat pengembangan PyPLIF HIPPOS. Dan, sempat DosGil dilapori salah satu murid bahwa shell script penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) yang saya kembangkan tidak berfungsi lagi ketika AutoDock Vina 1.1.2 diganti dengan versi terbaru 1.2.3. Jujur dengan kesibukan sebagai dosen dan beberapa aktivitas membantu beberapa direktorat di Jakarta, belum sempat DosGil pelajari lagi dampak peralihan Python dan AutoDock Vina ini pada scripts rutin yang digunakan di riset-riset lab DosGil maupun dengan kolaborator.
Mendekati akhir tahun ini, di sela-sela review dokumen-dokumen dan koreksi-koreksi dengan tenggat yang berlarian mendekat, DosGil sempatkan untuk mempelajari AutoDock Vina 1.2.3 dengan dokumentasi yang bersumber di sini. Setelah DosGil cermati dan uji coba sekali dua kali dan mempelajari error message yang ditampilkan, ditemukan bahwa masalahnya sederhana dan dapat diatasi di luar AutoDock Vina 1.2.3, yaitu seperti tersurat di judul postingan ini. Solusinya, karena DosGil menggunakan shell script, maka cukup dihapus itu “log = nama_out.log” di berkas konfigurasi untuk AutoDock Vina dan ditambahkan “> nama_out.log” di baris perintah shell script yang merupakan perintah menjalankan AutoDock Vina 1.2.3. DosGil coba juga untuk running PyPLIF HIPPOS pada hasil penambatan molekul, dan voila It worked perfectly! Kemudian DosGil coba docking score baru besutan AutoDock Vina 1.2.3, yaitu vinardo, juga dilanjutkan dengan PyPLIF HIPPOS. Hasilnya, bekerja dengan sempurna!
Masih banyak fitur-fitur baru di AutoDock Vina 1.2.3 yang belum DosGil eksplorasi. Hmmm … sepertinya ini saatnya reinventing the wheel dengan tool baru ini, plus memanfaatkan GPU. Buku-buku perlu di-update sepertinya, juga script PVBS yang sudah divalidasi bisa ditingkatkan efisiensinya. Ah … sepertinya itu perlu menunggu, agenda terdekat yang ingin DosGil wujudkan di tahun 2023 adalah menerbitkan buku dengan topik “Baris Perintah Linux Esensial Dalam Penapisan Virtual Berbasis Struktur” untuk pembelajaran di S2 Farmasi. Kalau ada anak S1 Farmasi juga mau belajar akan jauh lebih baik.
Selamat Tahun Baru 2023! May the FORCE be with you, always!
Sabbe Sattā Bhavantu Sukhitattā
## PoKid-7, 31 Desember 2022 | 20:54 WIB.
DosenGila 